以下是16S测序分析流程的解读: 1.样品采集:首先,需要采集肠道样本,通常是通过粪便样本来获取肠道菌群。 2. DNA提取:将从样本中提取的总DNA,这是后续测序分析的起始材料。 3. PCR扩增:使用特定的引物对16S rRNA基因的V3-V4区进行PCR扩增。这个区域包含了用于物种分类的足够的信息。 4.测序:将扩增后的DNA进行测序...
16S分析流程主要包括:Hiseq/Miseq测序获得的Paired-end (PE) reads拼接成一条序列,对目标序列进行质控过滤,过滤后的序列与参考数据库作比对,去除嵌合体序列得到最终得优化序列。基于优化序列进行OTU聚类分析和物种分类注释,基于OTU聚类结果进行多样性指数分析,基于分类学信息进行物种结构分析和物种差异分析。 数据质控与...
如果样本污染宿主DNA比较严重,例如肠道粘膜样本,直接宏基因组测序会产生大量的宿主污染,为了降低实验成本,可以使用16S测序。 如果想快速鉴定未知病原感染,直接通过metagenome测序可以鉴定是细菌、真菌或者是病毒感染。 宏基因组测序实验流程 从环境(如土壤、海洋、淡水、肠道等)中采集实验样本,将原始采样样本或已提取的 DNA...
以下是16S测序分析流程的解读: 1.样品采集:首先,需要采集肠道样本,通常是通过粪便样本来获取肠道菌群。 2. DNA提取:将从样本中提取的总DNA,这是后续测序分析的起始材料。 3. PCR扩增:使用特定的引物对16S rRNA基因的V3-V4区进行PCR扩增。这个区域包含了用于物种分类的足够的信息。 4.测序:将扩增后的DNA进行测序...
16S分析流程主要包括:Hiseq/Miseq测序获得的Paired-end (PE) reads拼接成一条序列,对目标序列进行质控过滤,过滤后的序列与参考数据库作比对,去除嵌合体序列得到最终得优化序列。基于优化序列进行OTU聚类分析和物种分类注释,基于OTU聚类结果进行多样性指数分析,基于分类学信息进行物种结构分析和物种差异分析。