首先探讨PTEN在肝细胞癌中的作用,(A)通过人类蛋白质图谱数据库(HPA)发现PTEN在肝癌中低表达,在正常组织中过表达。(B)HPA的免疫组化染色结果也证实了相似的PTEN异常表达。(C)由于PTEN在肿瘤组织的异常低表达,研究了PTEN在肝细胞癌患者中表达的临床意义,绘制了km曲线,结果表明PTEN的异常低表达与患者生存率低显著相关。
TCGA肝癌临床数据资源全面介绍---肝癌研究领域的全谱! 2006年,结核病基因序列所示谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)计划以多形病态胶质母线粒体疣(GBM)、呼吸系统上皮细胞线粒体癌(LUSC)和卵巢浆液病态囊胰脏(OV)开始月份3年的试点项目,2009年~2015年下半年揭开。到项目年末,TCGA在线学术研究工来作者已描绘了3...
3、小结 这篇文章是一篇结合单细胞数据的TCGA数据挖掘文章,使用了CIBERSORT、WGCNA算法,筛选建模候选基因的思路值得借鉴与学习。
path = 'Data/',data.type = 'RNAseq') # gdcRNAMerge ## 上述函数在TCGA更新后，不再适用，...
基于TCGA及HPA数据库探讨FOXO1在肝癌中的表达及预后相关性。FOXO1基因在肝癌中低表达,且其表达水平与肝癌患者总体预后有关。FOXO1可作为肝癌预后相关的生物标志物,有望成为肝癌诊断和治疗的靶点。
【摘要】目的 基于The Cancer Genome Atlas（TCGA）数据库中肝细胞肝癌（肝癌）相关微小RNA（miRNA）及mRNA 的生物学分析，探索肝癌相关异常表达的miRNA 生物标志物及其靶基因功能和调控的信号通路。方法 利用TCGA 数据库中的肝癌组织和正常组织样本数据进行对比分析，筛选出来差异表达的miRNA 和mRNA；通过对miRNA 潜在靶...
1.cBioPortal提供大规模癌症基因组学数据集的可视化,分析和下载。 2.TP53是肝癌最常见的基因突变之一,与不良预后密切相关。 1.打开http://www.cbioportal.org/index.do 2.选择liver cancer,输入TP53 gene image.png 3.submit一下,我们要可视化,所以plot ...
·基于 GTEx 联合 TCGA 数据集筛选肝癌中 mRNA 研究张燕明 1,2 , 韩 涛 2 , 郑振东 2 , 韩 磊 31. 锦州医科大学 北部战区总医院 研究生培养基地,辽宁 沈阳 110016;北部战区总医院 2. 肿瘤科;3. 肝胆外科,辽宁 沈阳 110016[摘要] 目的 探讨 mRNA 在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌...
基于TCGA数据库探索miR-4746-5p在肝癌中的表达及其临床意义
目的构建肝细胞癌(HCC)患者铜死亡相关基因(CRGs)的预后模型.方法基于TCGA数据库HCC患者的mRNA数据集,分析CRGs在HCC患者中的表达,对CRGs及相关基因进行GO和KEGG富集分析.Kaplan-Meier生存分析曲线评估CRGs的生存预后价值,分析其与免疫细胞浸润的相关性.单因素Cox回归分析筛选出与HCC患者生存预后显著相关的CRGs,Lasso回归和...