结核耐药基因数据库,简称TBDR(Tuberculosis Drug Resistance),是一个专门用于记录和分析结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)耐药基因信息的数据库。其核心目的是汇集全球范围内的结核菌株的基因数据,特别是与药物耐药性相关的突变信息。TBDR不仅包括基因序列,还涵盖了基因突变的功能性分析、突变对药物敏感性的影响以及临床...
结合已有的多个耐药基因数据库构建隐马尔可夫模型(Hidden markov model,HMMs),对耐药基因进行检索,因此相比于blast,通过对核心domain的检索,更有助于对未知耐药基因的预测,发现新的耐药基因,同时也能更准确的对蛋白功能做出注释。
数据存储是耐药基因型数据库分析中不可或缺的一环。选择合适的数据库管理系统(DBMS)至关重要,常见的数据库管理系统包括关系型数据库(如MySQL、PostgreSQL)和非关系型数据库(如MongoDB、Cassandra)。关系型数据库适用于结构化数据,具有强大的查询和事务处理能力;非关系型数据库则适用于非结构化或半结构化数据,具有高...
MEGARes V3.0 包含近9,000种人工筛选的抗菌药物、杀菌剂和金属耐药基因的序列数据。MEGARes设计用于大规模测序数据的计算分析,介绍参考:MEGARes - Microbial Ecology Group 数据库下载 wget --no-check-certificate https://www.meglab.org/downloads/megares_v3.00.zip unzip megares_v3.00.zip 预测的话可以使用bl...
ARG-ANNOT数据库由Rolain课题组创建，收录了1689个非冗余耐药基因，包括点突变信息，但已关闭。Resfams数据库利用HMMs技术对耐药基因进行检索，预测效果优于BLAST，有助于新耐药基因的发现和功能注释。尽管上述数据库是通用型资源，但也存在针对特定物种或抗生素的数据库，如ARGO和TBDReaMDB，这些将在后续...
首先，ARDB数据库虽已整合进CARD，但CARD（网址： card.mcmaster.ca）是目前更受欢迎的选择，它包含了完整的耐药基因序列，以及抗生素靶位点等信息，且更新及时。ResFinder（网址： cge.cbs.dtu.dk/services...）基于ARDB扩展，收录了水平转移获得的耐药基因，分类详细且支持点突变分析。ARG-ANNOT数据库（...
基因组序列的主要构成 ARTS数据中的全基因组序列,主要来源于两个不同的资源库,包含了27096条高质量细菌基因组序列,它可根据其完整度进行筛选(图1A)。数据库中包含的是经筛除细小及低质量组装的片段等处理后的contigs <100的基因组序列。经MASH去除冗余数据后,其相似度为99.6%或以上。
CARD是一个基于志愿者贡献数据的耐药性研究共享平台,包括ARDB数据库的所有耐药基因信息,且更新很及时,从而保证了数据的时效性。CARD 数据库以 ARO)为分类单位,在一个term中关联抗生素、作用靶位点、作用机制、序列变异等信息。除此之外,还包括一些毒力基因的信息、相关的可移动元件信息等。分析模式包括BLAST和RGI模式...
耐药基因数据库概述 下载积分: 1500 内容提示: 生 物工程 学报Chinese J0u rnaI Of BiOtechn0109yhttp:,/journals.im.ac.cn/cjbcnDOl:10.13345/j.cjb.200375杨兵等/耐药基因数据库概述Dec.25,2020,36(1 2):2582—2597@2020 Chin J Biotech,A|I rights reserVed·微生物组测序与分析专题·王荃女,博士,...
(2)ResFinder数据网址:https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/在ARDB数据库的基础上,收录了通过水平转移获得的耐药基因,此库分为15种耐药小库,3097条耐药基因序列,分类全面,更新及时,目前已经更新到4.1版本(其中的耐药基因是从http://faculty.washington.edu/marilynr/ 和http://ardb.cbcb.umd.edu/ 两个...