来自 致学网药公众号 1.文献里槲皮素和受体对接的结合能的绝对值都特别高,自己做出的分子对接的结果绝对值都比较低?答:这个与不同的软件、盒子大小(结合位点)、选取的蛋白有关。可以拿文献里的例子作参考。2.分子对接用的单位是Kcal/mol、要不要换成kj/mol呢?答:可以不用换,1KJ=0.24kcal。由于1cal=4.2J,
分子对接可视化基于草药-活性成分-靶点的网络分析,根据度值选择排名前 5 位的核心活性成分与关键靶点 TNF 、 CASP3 、 IL2 、 NR3C1 和 BCL2L1 对接。结果表明,豆甾醇与 IL2 的结合能最低,为 -8.34 kcal/mol,而 DNOP 与 TNF 的结合能最高,为 -1.29 kcal/mol。然而,两种能量都低于 −1.2 kcal/mol,表...
4.通过分子对接验证 RSYRD 成分与核心靶标之间的关系 使用PyMOL和AutoDock软件,以RSYRD的活性成分与核心靶点(NOS3、GAA、RB1和SLC16A1)为对象进行分子对接模拟,计算结合能量并可视化对接结果。结果显示核心靶点蛋白与有效化学成分的结合能量低于-5 kcal/mol,结合活性稳定(图6),RSYRD的代表性化合物可能与核心SMF靶...
站在研究者的角度考虑,网络药理学研究也存在诸多痛点,我们就以下几点进行讨论: 1.操作繁杂 目前网络药理学已经形成“约定俗成”的分析步骤,由于单个数据库数量不足、不准确等原因,需要在多个数据库、算法以及软件工具间切换,需要耗费大量时间与精力。近期,多个免费网...
作者团队利用网络药理学和分子对接方法预测和验证Rk1+Rg5抗T2DM的靶点和信号通路。该结果通过db/db小鼠模型和使用PA诱导的L6细胞的模型进一步得到证实。Rk1+Rg5可调节葡萄糖代谢，改善骨骼肌的胰岛素抵抗，从而降低FBG和脂质水平，进一步研究Rk1+Rg5抗T2DM作用机制提供了理论基础。（ps：本文思路十分完整明晰，从网药、...
分子对接可视化 基于草药-活性成分-靶点的网络分析,根据度值选择排名前 5 位的核心活性成分与关键靶点 TNF 、 CASP3 、 IL2 、 NR3C1 和 BCL2L1 对接。结果表明,豆甾醇与 IL2 的结合能最低,为 -8.34 kcal/mol,而 DNOP 与 TNF 的结合能最高,为 -1.29 kcal/mol。然而,两种能量都低于 −1.2 kcal/mol,...
分子对接验证 采用分子对接来评估 4 个儿茶素成分与 3 个关键靶基因 (MMP9 、 HIF1A 和 BCL2) 的结合亲和力。结果表明,四种儿茶素成分与三个靶标的对接分数范围为 -6.2 kcal/mol 至 -8.9 kcal/mol(表 1)。较低的对接分数表示更强的结合亲和力,< -5.0 kcal/mol 的分数表示潜在的结合,< -7.0 kcal/mol...
1. 网络药理学+分子对接。该研究利用网络药理学方法筛选和分析了DBL的活性成分及其与PTC相关的靶标及潜在治疗机制,并通过分子对接技术验证了这些活性成分与靶标蛋白之间的相互作用。生物信息学方法的应用为研究中药复杂成分的作用机制提供了有效工具! 2. 铁死亡+经典通路。该研究在机制探究中,发现DBL能够抑制PTC细胞中...
分子对接可视化基于草药-活性成分-靶点的网络分析,根据度值选择排名前 5 位的核心活性成分与关键靶点 TNF 、 CASP3 、 IL2 、 NR3C1 和 BCL2L1 对接。结果表明,豆甾醇与 IL2 的结合能最低,为 -8.34 kcal/mol,而 DNOP 与 TNF 的结合能最高,为 -1.29 kcal/mol。然而,两种能量都低于 −1.2 kcal/mol,表...
本研究通过构建小儿风热清合剂(口服液)防治甲流的“药物–活性成分–潜在靶点”网络,筛选出小儿风热清合剂(口服液)防治甲流的关键成分以及潜在靶点,通过功能富集来揭示其影响的信号通路和调控功能,利用分子对接技术从空间结构上验证这些成分与...