Coding_prob: 表示这个lncRNA具有编码蛋白质潜力的概率。 Coding_prob 这里我使用cutoff的是小于0.2,使用后面的绘图R脚本也可以获得cutoff,很遗憾,这个脚本 (10Fold_CrossValidation.r) 我没有跑通,总是会报错。 1. 人类编码概率(CP)截止:0.364(CP>=0.364表示编码序列,CP<0.364表示非编码序列) 2. 小鼠编码概率 ...
简 介深度转录组测序能够检测数千个新的转录本。这一发现大而“隐藏”的转录组重新激活了对能够快速区分编码和非编码 RNA 的方法的需求。在这里提出了一种新的无比对方法,编码潜在评估工具( CPAT) ,可以快速识别…
在此基础上,作者应用数据驱动的特征选择算法,综合运用序列内生(intrinsic, cis-)和细胞环境(contextual, trans-)特征,建立了人类RNA转录本编码能力跨细胞定量模型RiboCalc,实现了对人类转录本在多种细胞环境下的编码能力(即Ribo-seq表达量Ribo-...
在之前的内容中，我们探讨了circRNA的形成、功能，以及它与癌症的关系，还概述了相关研究和工具推荐，包括23个circRNA数据库的链接。值得注意的是，很多circRNA由exon构成，这些exon具备编码能力，暗示部分circRNA具备编码蛋白质的潜力。实际上，已有研究证实circRNA可以被翻译为蛋白质。那么，我们能否预测大量的c...
预测编码的理论还被用于解释自闭症的社交障碍。一些研究表明,自闭症患者的预测系统可能存在缺陷,使得他们在社交环境中的反应能力下降。这可能造成他们在面对复杂社会情境时感到疲惫,无法适应周围的快速变化。 结论 大脑可以被视作一个复杂的预测机器,它不断学习、预测和适应外部世界。每一次社交交互,都是一次对大脑预测...
OrfPredictor OrfPredictor: predicting protein-coding regions in EST-derived sequences PhyloCSF PhyloCSF: a comparative genomics method to distinguish protein coding and non-coding regions lncRNA的编码性预测——PhyloCSF的使用 后面会一一测试。 待续~~~...
(工具篇):神器之——lncRNA编码能力预测 我们在(文章篇)S3E7:一文掌握lncRNA研究的套路和创新点等文章介绍lncRNA研究套路的时候提到过对于新的lncRNA要做的八部分工作: 1. RNA-seq找差异lncRNA 2. 根据基因位置关系确定候选lncRNA 3. RACE明确lncRNA序列 4. lncRNA在细胞内的定位(空间特异性); 5. lncRNA...
7. lncRNA编码蛋白能力预测和验证; 8.lncRNA物种保守性分析; 其中第7条是lncRNA的编码能力的预测和验证,即:对于一条新的lncRNA,需要证明其无蛋白编码能力,我们在(文章篇)S4E06:CncRNA:原来真有这样的RNA!!!中也介绍过,有的RNA既可以编码蛋白,又能以RNA的角色发挥作用。
我们知道很多circRNA其实是由exon构成的，exon是有编码能力的，因此我们可以推测很多circRNA应该是有编码蛋白能力的。下图所示的circRNA的其中一个功能就是编码蛋白。事实上，也已经有文献报道过 ☛circRNA可翻译成蛋白质 那么除了直接检测circRNA的蛋白产物，我们能否大规模的预测circRNA的编码蛋白的能力呢？答案是肯定的。
我们知道很多circRNA其实是由exon构成的,exon是有编码能力的,因此我们可以推测很多circRNA应该是有编码蛋白能力的。下图所示的circRNA的其中一个功能就是编码蛋白。 事实上,也已经有文献报道过 ☛circRNA可翻译成蛋白质 那么除了直接检测circRNA的蛋白产物,我们能否大规模的预测circRNA的编码蛋白的能力呢?答案是肯定的。目...