跟小分子相对结合自由能的计算类似,我们需要分别计算 左侧的 solvent leg 和右侧的 complex leg. 别看相对结合自由能计算了俩小分子的差值,这里只计算一个分子的绝对值,个人感觉其实这个操作起来更难,因为相对计算我们实际上只计算了两个分子不同的地方,其计算量或许是小于绝对计算的。而且相对计算的路线图更容易懂,...
具体来说，我们提出炼金术绝对结合自由能（ABFE）计算在严格的统计热力学框架内为虚拟筛选所需的各种分子的结合能的计算提供了最直接、计算效率最高的方法。ABFE计算对于当前的药物发现十分有用，尤其是现在大规模基因组学数据和化学生物学方法的融合揭示了许多有希望的但还没有小分子药物发现的疾病靶标，而这恰恰是包...
相比相对结合自由能,绝对结合自由能在药物研发中的应用更加偏向上游,即所涉及的两个或者多个小分子相似性不是特别高的阶段。 这个脚本提供了使用Gromacs 在谷歌平台进行免费绝对结合自由能计算的可能性,但因计算过程十分繁杂,该流程需要进一步完善。本文流程以3htb 为例,分别计算complex 和solvent两个分支的自由能变化,...
采用 基于线性响应近似的自由能计算方法计算了一类 hydroxamate 抑制剂和 MMP 2 的 绝对结合自 由能. 计算 - 中, 催化锌离子和 MMP 以及配体之间采用了非键模型. 分子动力学模拟结 果显示, 采用非键 模型时, 催化 Zn 离子 -2 采用五配位 的形式, 但配位键的形式和初始结构比较有很大的差 别. 通过拟合...
本实验中,作者首先采用高斯算法增强自由能拟合方法(GA-FEP)对自由能微扰-绝对结合自由能(GA-FEP/ABFE)进行了计算,通过对于超过100个配体和7个靶点的计算表明,高斯函数拟合可以极大地提高计算结果的精确性和收敛性。 图1. 高斯函数拟合概率分布可以显著降低标准差,提高能量计算结果的精度。
s2.10使用reweight后的δf(t)和pscp自由能,以及相关理论推导值,计算最终的绝对自由能随温度的变化。 其中,步骤s1.1所述的相关工具,为antechamber或charmm-gui。 步骤s2.1所述的一系列温度为100～400k范围。 步骤s2.2选取两个参考温度为200k和300k。
理论 生 物物理P 4·2 2蛋 白质 与底物 复合 物体系 的绝对 结合 自由 能计 算主`止,陈 慰祖,王存 新北 京工业 大学 生 物中 心( 北京朝 阳区 平乐园 1 0 0 号,1 0 00 2 2 )酶 与底物或 抑制 剂、受体 与药 物的 结合 自由能是重要 的热力学量。通 过计 算机模 拟方 法 计算复合...
流程化的多步自由能计算 在BFEE2中,绝对自由能计算被分解为4步:1)构建复合体;2)准备输入文件;3)MD模拟;4)后处理(计算并扣除几何约束对自由能的贡献),见图2所示。第1步构建复合体,用户可以使用他们熟悉的软件准备坐标和力场拓扑文件。第2步,用户需要根据蛋白复合体的情况选择使用炼金术路线还是几何路线。几何路...
一种准确计算气体分子绝对自由能的方法专利信息由爱企查专利频道提供,一种准确计算气体分子绝对自由能的方法说明:本发明公开了一种准确计算气体分子绝对自由能的方法,包括以下步骤S1、降低气体分子中柔性二面角势...专利查询请上爱企查
为了克服这些问题，来自晶泰科技有限公司的Peiyu Zhang & Mingjun Yang等人，开发了一个可扩展的云计算平台XFEP，可以使用优化的模拟协议进行相对和绝对自由能预测。XFEP以一种更高效、可扩展和经济的方式实现了大规模FEP计算，例如，使用50-100 GPUs可以在1周内对5000种化合物进行评估，计算成本大约相当于合成一种...