接着使用直线段工具绘制箭头,箭头的粗细设置为1pt,箭头的样式设置为“箭头5”。 通过文件/置入将热图导入到当前画板上,按住shift键等比例调整热图的大小。选中热图,右键,执行取消编组。继续取消编组,大约需要重复3~7次,即可单独操作热图的每一个方格。然后使用小黑工具框选相应基因对应的热图方格(圆形),移动到通路图...
绘制通路图常用软件 1.IBS 网址:ibs.biocuckoo.org/downl 该软件是由华中科技大学薛宇教授的团队CUCKOO做的,非常适合绘制基因结构、序列互作结合的示意图。 2.ScienceSlide ScienceSlide是一款专门做医学图片的ppt插件,安装后,会在PPT界面出现一个工作条,包括了常用元件、信号通路、方法学、生物化学、分子生物学等几千...
依据上述通路得到的基因ID信息,通过转录组分析结果基因表达量列表提取出要展示样本的所有注释到的基因的表达量信息。 3.代谢物表达信息 依据上述通路得到的代谢物ID信息,在代谢组分析结果表达量列表里提取出要展示样本的所有注释到的代谢物的表达量信息。 通路图绘制 依据kegg通路图中代谢物及基因的上下游关系,在ppt上...
写在前面 今天在GitHub中看到一个ggpathway的包,主要可以制作通路网络图,或是进一步优化的话,可以进行个性话制作。 操作步骤在GitHub中已经很详细。自己也照葫芦画瓢进行运行一下。 GitHub网址:https://github.com/cxli233/ggpathway 调控通路绘制: https://mp.weixin.qq.com/s/b-J4ciZSxrYXb5bSQAcS-w) 绘图...
今天我们就一起来学习如何使用该R包在R中快捷调出KEGG通路map并标注目标基因,或结合igraph与ggplot重新绘制更加个性化的通路图! 下面进入今日正题! #相关R包安装与载入: BiocManager::install('ggkegg') library(tidygraph) library(dplyr) library(igraph)
平时,我们做KEGG富集分析得到的Pathway maps往往都非常丑,而且还是非常小且非常模糊的位图,无法直接用到文章中。而我最近在文献中看到的一个代谢通路图,就非常好看,如下。 (Encarnación-Rosado,et al. 2021) 那么,这么好看的通路图如何绘制呢?仔细观察可以发现,图中只是绘制了细胞膜和线粒体,主体部分是箭头和文字...
1. 下拉软件右侧 Templetes 对话框,会出现各种信号通路模式图 ①PATHWAY TEMPLATES 下方四张图为简单的信号通路模式图 ②PREMADE PATHWAYS 下方为已完成的信号通路。2. 下拉 Organelles(细胞器) 对话框,会出现各种细胞器结构。 ①MAMMALIAN MEMBRANS 为...
弧线箭头:绘制方法很多,比如通过弧形工具、钢笔工具、曲率工具、铅笔工具都可以。 再点击控制栏的“描边”设置箭头: 虚线箭头通过描边面板中勾选虚线进行设置: 最后这幅信号通路图就画好了: 由于是矢量图,所有的图形都可以自由编辑和修改,非常方便,而且矢量图图片高清,任意缩放清晰度不变。
信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的,如何绘制适合我们自己科研课题的信号通路图呢? 可以试试 pathway builder tool 软件。这款软件简单易学,即便是零基础的同学,也可以做出漂...