作者通过单细胞(scRNA)结合空间(Spatial transcriptome,ST)转录组测序技术综合地探索原发结直肠癌(CRC)及肝转移CRC(CRCLM)的细胞图谱的转录水平的差异,从27个样本(取自6名CRC患者)中得到41,892个CD45-非免疫细胞及196,473个CD45+免疫细胞。经分析作者发现呈现出高增殖能力和肿瘤激活特征的肝转移样本的CD8_CXCL13...
肝转移(LM)是结直肠癌(CRC)死亡的主要原因,表现出高度的免疫微环境异质性和抑制性。本研究使用10x Genomics单细胞 RNA-seq 和Visium空间转录组学对 97 个匹配的样本进行了测序。值得注意的是,转移性微环境经历了显著的免疫抑制细胞空间重编程,如 MRC1+ CCL18 + M2 样巨噬细胞。本研究进一步开发了 scMetabolism,...
同时,作者又收集了6例患者的肿瘤组织样本,包括4例原发性结直肠癌患者(C1-C4)、2例肝转移性结直肠癌患者(L1-L2)。使用H&E染色、空间转录组、多色免疫组化及流式细胞术等方法,分别进行了肿瘤区域划分、基因表达分析、细胞分群及预后分析等研究。 图3:组织样本实验设计和分析工作流程示意图 研究思路 实验结论 1...
1、单细胞和空间转录组学绘制可切除CRLM中的免疫细胞多样性 为了获得CRLM的单细胞图谱,本研究应用scRNA-seq和ST来量化CD45+细胞的动力学(图 1A),使用结直肠癌(CRC)组织及癌旁、肝转移(LM)组织及癌旁,沿结肠的淋巴结(LN)组织和外周血单核细胞(PBMC)。根据严格的筛选标准,共招募24 名可切除的CRLM患者。最终共...
综上所述,本研究使用单细胞和空间转录组RNA测序全面绘制了结直肠癌和匹配的肝转移CRC的细胞图谱。结直肠癌原发灶和肝转移灶的不同表型和主要细胞类型,如CAF、CD8+T细胞和肿瘤相关巨噬细胞的频率高度变化,提示TME内的分子异质性,并为未来的肿瘤治疗提供了潜在的靶点。
在这项研究中,作者使用单细胞和空间转录组RNA测序,全面描绘了结直肠癌(CRC)和配对良好的肝转移的细胞格局。作者从6例结直肠癌患者的27份标本中产生了41,892个CD45-非免疫细胞和196,473个CD45+免疫细胞,发现CD8_CXCL13和CD4_CXCL13亚群在肝转移样本中显著增加,表现出高增殖能力和肿瘤激活特性,有助于改善患者的...
本文通过结合单细胞转录组（scRNA）和空间转录组（ST）技术，全面探索了原发结直肠癌及肝转移结直肠癌的细胞图谱和转录水平差异。研究发现，具有高增殖能力及肿瘤激活特征的肝转移样本中，CD8_CXCL13和CD4_CXCL13亚群显著增加，对患者预后有益。而原发肿瘤中富集的F3+成纤维细胞通过促进肿瘤辅助因子表达，...
作者通过单细胞(scRNA)结合空间(Spatial transcriptome,ST)转录组测序技术综合地探索原发结直肠癌(CRC)及肝转移CRC(CRCLM)的细胞图谱的转录水平的差异,从27个样本(取自6名CRC患者)中得到41,892个CD45-非免疫细胞及196,473个CD45+免疫细胞...
1. 单细胞结合空间转录组数据精确量化结直肠癌肝转移肿瘤免疫微环境多样性 本研究通过10x Genomics单细胞技术共捕获了 178,630 个 CD45+ 细胞,平均每个样本包含2,007 个细胞,基因中位数为 178,630 个 基因。经过细胞聚类分析,本研究定义了主要的细胞类型。与之前的结肠癌 scRNA-seq 基本一致。研究人员从 CRLM ...
作者通过单细胞(scRNA)结合空间(Spatial transcriptome,ST)转录组测序技术综合地探索原发结直肠癌(CRC)及肝转移CRC(CRCLM)的细胞图谱的转录水平的差异,从27个样本(取自6名CRC患者)中得到41,892个CD45-非免疫细胞及196,473个CD45+免疫细胞。经分析作者发现呈现出高增殖能力和肿瘤激活特征的肝转移样本的CD8_CXCL13...