结合位点(Binding Site) 在生物化学和分子生物学领域,结合位点是指生物大分子(如蛋白质、DNA或RNA等)上的一段特定区域,该区域能够与另一种分子(通常是配体、底物、抑制剂或其他生物活性分子)发生特异性相互作用。这种相互作用可以是物理性的吸附、化学键的形成,或者是通过氢键、离子键、疏水作用、范德华力等分子间...
图中画了核糖体的3个tRNA结合位点(其实是3个密码子的位置,没有说明是3个tRNA的结合位点),可文字部分却说核糖体中有2个tRNA位点。 很多人为人教版辩解,现罗列如下: 1.核糖体动态变化过程中,3个位点的存在时间很短暂。 2.第3个已经离开了(可能是说E位点),不是结...
核糖体结合位点(RBS,Ribosome-binding site)是mRNA分子5'(上游)的区段,能够结合核糖体正确定位至翻译启始位点,也能够控制mRNA翻译启始的准确度和效率。 在原核mRNA中,RBS位于起始密码子(即第一个AUG)上游8-13个核苷酸处。本序列也被称为Shine-Dalgarno序列(SD序列),是由位于AUG起始密码子5'端的多鸟苷酸序列AGGA...
2022年5月30日,以色列特拉维夫大学Blavatnik计算机科学学院的Haim J. Wolfson等人在Nat Methods杂志发表文章,提出了一种可解释的深度学习模型,该模型直接从原始数据中学习具有功能的结构基序 (motifs),从而可以将蛋白质结合位点和抗体表位准确地映射到蛋白质结构上。 摘要 从蛋白质的结构中预测其功能位点 (如小分子、其...
转录因子结合位点是转录因子调节基因表达时，与基因的模板链发生结合的特定区域，即与转录因子结合的DNA片段，长度通常在5~20bp之间。一个转录因子通常可以同时调控多个基因，其在不同基因上的结合位点具有一定的保守性，但又并非完全相同。DAP-seq技术简介 DNA亲和纯化测序技术（DNA affinity purification and high-...
转录因子结合位点的预测呢,也可以在线提交来预测,只需要将你自己基因集的启动子区序列提取出来,在线提交就可以出结果。启动子区一般是基因前 1 kb, 1.5kb 或者 2 kb。 http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/binding_site_prediction.php 当然,如果要批量预测转录因子结合位点,最好还是用Linux命令行来做预测,这样可...
在前面的文章中伯小远已经给大家介绍了鉴定转录因子结合位点的技术ChIP-seq和CUT&Tag,感兴趣的同学们可以点击查看“解析表观遗传学的工具——ChIP-seq(一)、解析表观遗传学的工具——ChIP-seq(二)、解析表观遗传学的工具——CUT&Tag”。这里伯小远将给大家介绍另外一种鉴定转录因子结合位点的技术——DAP-seq。
本文首先提出了一种结合对比学习和预训练语言模型的方法（CLAPE），以此来预测DNA结合位点。为了评估模型的分类性能和泛化能力，作者在两个外部蛋白质与DNA结合位点的测试集进行了实验，结果表明在仅基于序列信息的条件下CLAPE-DB具有更优的泛化能力，并对于DNA结合位点具有特异性。因此该模型的提出有助于人们探索未知结构...
中国人民大学高瓴人工智能学院的研究团队首次将 E(3) 等变图神经网络 (GNN) 应用于配体结合位点预测,提出名为 EquiPocket 的框架,有助于药物发现等各种下游任务。 生命系统中,几乎所有生物和药理过程都涉及受体(靶蛋白)和配体(小分子...