细菌MLST聚类分析方法 MLST聚类分析操作步骤 1
MLST聚类分析操作步骤 1 •MLST是对细菌基因组的7个管家基因进行测序、比对,获得各个管家 基因的序列编号,最后根据7个基因的序列编号组成的编号阵列获得每 株菌的MLST型别、构建聚类树。(本方案以7个管家基因为例,但是 也有菌种的MLST分型方案不是7个管家基因的。分析方法相同。) •本方案描述了获得各个管家基...
参数很多，常用的如下：查看现在支持的细菌种属 以ncbi上3株大肠杆菌为例，以传统模式输出结果到csv文件： mlst --scheme ecoli --legacy --csv *.fna > mlst.csv 最终输出的结果如下：参考 mlst软件源地址： https://github.com/tseemann/mlst 所用菌株： GCF_001660565.1 G...
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mlst这个软件顾名思义就是做mlst的,需要的只是fasta,gbk,embl文件。 安装当然还是conda conda install -c bioconda mlst 输入 mlst -h 查看用法和参数 USAGE%mlst--list列出所有可以分析的细菌种属#%mlst[options]<contigs.{fasta,gbk,embl}[.gz]自动选择所用种属%mlst--scheme<scheme><contigs.{fasta,gbk,embl...
[题目]食品安全国家标准GB 4789.40-2016是奶粉中可能含有的细菌克罗诺杆菌属的检测标准.其流程如下.请回答: (1)①过程中的BPW培养基为 (填“固体 “液体 或“半固体 )培养基.(2)②选择培养时.mLST - Vm培养基中添加的万古霉素是一种抗生素.分析可得.克罗诺杆菌属对该抗
mlst这个软件顾名思义就是做mlst的,需要的只是fasta,gbk,embl文件。 安装当然还是conda conda install -c bioconda mlst 输入 mlst -h 查看用法和参数 USAGE % mlst --list 列出所有可以分析的细菌种属# % mlst [options] <contigs.{fasta,gbk,embl}[.gz] 自动选择所用种属 ...
细菌MLST聚类分析方法 MLST聚类分析操作步骤 1
MLST聚类分析操作步骤 周海健 中国CDC传染病所 1 前言 • MLST是对细菌基因组的7个管家基因进行测序、比对,获得各个管家 基因的序列编号,最后根据7个基因的序列编号组成的编号阵列获得每 株菌的MLST型别、构建聚类树。(本方案以7个管家基因为例,但是 也有菌种的MLST分型方案不是7个管家基因的。分析方法相同。)...