总之,scResolve包含两个步骤来恢复单细胞表达谱。它首先将多细胞ST测量的分辨率提高到像素分辨率,这是在亚细胞水平。接下来使用SCS对亚细胞分辨率的基因表达图谱进行细胞分割。分配给像素的基因表达值最终基于分割细胞边界聚合,从而生成空间分辨的单细胞表达谱,从而实现灵活的单细胞分辨率分析,包括组织中的细胞类型组织、细胞类型特异性差异
同cluster的bulk样本生物学上极为相似,细胞表达模式可在样本间共用 测序技术导致的差异对所有样本是通用的,不同样本之间的技术偏差和batch effact是相同的 方法 代表样本:同时有该样本的单细胞数据和bulk数据目标样本:仅有bulk数据,目标为重建其单细胞表达谱 ...
成体干细胞存在于特定组织中，表达谱呈现组织特异性。造血干细胞高表达CD34、PROCR等表面标记，同时激活WNT信号通路相关基因维持干细胞池。间充质干细胞则侧重分泌TGF-β、COL1A1等参与组织修复的因子，其表达谱随微环境变化快速调整，例如炎症因子IL-6会触发STAT3通路，促使细胞向受损部位迁移。诱导多能干细胞重编程...
【导读】空间转录组学绘制组织切片中的基因表达图谱，揭示其自然背景下的细胞组织。然而，许多技术缺乏单细胞分辨率，无法从混合细胞群中捕获集体基因表达。团队开发了scResolve，这是一种以多细胞分辨率，从空间转录组学数据中恢复单个细胞在其位置的表达谱的方法。2024年9月25日，美国卡内基梅隆大学计算机科学学院Jose L...
scResolve能够从多细胞点中去卷积不同细胞类型的单细胞表达谱,并将细胞分配到位置。这可用于细化组织切片的细胞类型分布,并分析跨组织区域的细胞类型特异性差异表达。然而,当相似细胞类型在染色图像中视觉相似且空间接近时,它在准确区分相似细胞...
最后,确定为细胞一部分的spot根据它们与细胞核中心的相对位置分组。 总之,scResolve包含两个步骤来恢复单细胞表达谱。它首先将多细胞ST测量的分辨率提高到像素分辨率,这是在亚细胞水平。接下来使用SCS对亚细胞分辨率的基因表达图谱进行细胞分割。分配给像素的基因表达值最终基于分割细胞边界聚合,从而生成空间分辨的单细胞...
Cell新技术｜双管齐下：细胞谱系追踪与单细胞表达谱 撰文| 十一月 责编 | 兮 细胞谱系追踪技术对于揭开多样的、基础的生物学过程中的分子机制是非常关键，因此一直以来建立能够在体内进行追踪细胞谱系的动物模型是生物学研究的一个长期目标。在早期的一些研究中，哺乳动物的谱系追踪仅限于通过使用染料或荧光标记对一小...
最后，研究人员通过信息降维分析和分类树构造分析，为这130万个细胞绘制出了精细的细胞间表达关系图谱。从这些图中，我们可以清晰地看到细胞之间连续和离散的基因表达变化。研究的主要发现如下：一、谷氨酸能兴奋性神经元（glutamatergic neuron）的细胞种类在分子成分和空间构成方面都比氨基丁酸抑制性神经细胞（GABAergic ...
采用ArcturusXT™ LCM系统从冷冻的人肿瘤组织样本中收集单细胞,然后利用TaqMan®OpenArray®平台进行定量反转录PCR (qRT-PCR) 基因表达分析。 简介 单细胞基因分析是研究细胞间异质性的唯一方法,如基因拷贝数、突变或基因表达差异。单细胞基因表达谱分析目前受限于收集完整的细胞,完整细胞收集通常采用流式细胞仪或显...
单细胞基因表达谱主要通过单细胞RNA测序技术实现。这种技术可以将单个细胞中的mRNA捕获和测序,从而得到每个细胞中基因的表达水平信息。通过单细胞基因表达谱的分析可以: -突破传统细胞群体平均的限制,揭示细胞个体之间的细微差异。 -识别并定义不同类型的细胞,揭示细胞分化和发展的过程。 -研究细胞激活、转录调控、信号传...