网址:https://maayanlab.cloud/Enrichr/ 其实这是一个做富集分析的网站,非常好用。(不过大部分人都只熟悉clusterProfiler) 我今年才发现这个网站上线了细胞注释的板块,整体不错。细胞注释有一种思路是仿照富集分析来做的,只不过把常用的通路基因集换成了细胞类型marker基因集。 用法很简单,丢进去差异基因就可以了。...
今天想给大家介绍的是另一个同样好用的细胞注释网站——PanglaoDB (https://panglaodb.se/index.html)。 图1 发表在DATABASE杂志上的相关文章[1] 数据库简介 PanglaoDB数据库是一款由瑞典和美国的研究人员共同开发,于2019年4月发布的单细胞转录组数据库,收集了人和小鼠的单细胞数据,目前共计包含来自1300+例样本、...
单细胞亚群手动注释步骤 谢大飞 把单细胞亚群单独提取出来进行后续再分析 前面我们假设自己的生物学背景不够,所以不需要把T细胞分成 "Naive CD4 T" , "Memory CD4 T" , "CD8 T", "NK" 这些亚群,可以合并为T细胞这个大的亚群,也… 曾健明发表于生信技能树 这近10...
网址:https://www.celltypist.org/ 用法很简单,按照要求上传文件即可(如果是免疫细胞,其他选项不用改;如果是非免疫细胞,还需要Select Model) GitHub上面也有python和命令行用法(写得很清楚),一般细胞数多了,我就用命令行去跑,速度也挺快: https://github.com/Teichlab/celltypist 我个人觉得单细胞软件自动注释的...
单细胞注释是使用单细胞测序数据scRNA-seq识别和标记异质细胞群中存在的不同细胞类型的过程。单细胞测序使研究人员能够研究单个细胞中的基因表达模式,从而能够根据独特的基因表达谱鉴定细胞类型和亚型。 为了注释…
推荐的网站有: Geseq:https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html 可用于对细胞器基因组进行基因注释,尤其是植物质体基因组。 点击Upload File(s),上传要注释的fasta格式的文件。 选择文件是环形(circular)还是线性(linear); 选择文件的类型(sequence source):植物的质体基因组Plastid(land plants)、藻类的质...
细胞亚群定义都是单细胞注释过程中最耗时和困难的步骤。 比如: T细胞按照分化状态可以分为naive,Tcm,Tem,Temra 按细胞状态分可以分为激活T细胞,耗竭T细胞, 按表面marker分可以分为NK、单核、CD4、CD8 PBMC的分群 naive T:CD27 CCR7 NKT: ZNF683 B: CD79A CD37 ...
先前的cellmarker工具仅支持单个基因检索或先指定细胞名称后寻找标记，这显然不合理。cellmarker 2.0在此基础上新增了细胞注释功能模块，允许同时输入多个标记以寻找潜在细胞。尽管有时多个簇仍被归为同一类，但实践证明，cellmarker 2.0相比其他同类网站如PanglaoDB，具备一定的优势。
细胞亚群定义在单细胞注释过程中是一个复杂且耗时的步骤。通过采用不同的分类方法，研究人员能够更细致地解析细胞类型和状态。例如，T细胞可以基于分化状态分为naive、Tcm、Tem和Temra等。细胞状态的分类则进一步细化为激活和耗竭T细胞。按表面标记物分类，T细胞还可分为NK、单核、CD4和CD8细胞。对于PBMC（...
“Tools”中的“alona”是一款基于Python语言环境下在线分析scRNA-seq数据的平台,从前期质控到细胞注释,都可以通过上传数据在该网站实现。 图13 Tools功能下alona工具线上注释 整个流程也是比较简单的: 1.选择一个未经数据处理、常规的基因表达矩阵压缩文件