在分析单细胞数据时,同一类型的细胞往往来自于不同的细胞周期阶段,这可能对下游聚类分析,细胞类型注释产生混淆;由于细胞周期也是通过cell cycle related protein 调控,即每个阶段有显著的marker基因;通过分析细胞周期有关基因的表达情况,可以对细胞所处周期阶段进行注释;在单细胞周期分析时,通常只考虑三个阶段:G1、S、G...
在分析单细胞数据时,同一类型的细胞往往来自于不同的细胞周期阶段,这可能对下游聚类分析,细胞类型注释产生混淆; 由于细胞周期也是通过cell cycle related protein 调控,即每个阶段有显著的marker基因; 通过分析细胞周期有关基因的表达情况,可以对细胞所处周期阶段进行注释; 本篇笔记主要学习两种来自scran与Seurat包鉴定细胞...
在单细胞周期分析时,通常只考虑三个阶段:G1、S、G2M。(即把G2和M当做一个phase) 二、示例数据 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/cell-cycle-assignment.html#motivation-12 单细胞数据来自scRNAseq包的LunSpikeInData。选这个数据集是因为It is known to contain actively cycling cells after oncogen...
总的来说,单细胞研究可以解决细胞异质性的问题。通过单细胞转录组测序结合聚类分析、拟时序分析等,可以重建连续的细胞周期过程,进而推断细胞增值状态;通过对特异性表达基因的分析,可以发现与细胞分裂和细胞周期已知的和未知的关联基因;通过细胞的分子信息分析,可以推测细胞的分化发育命运等。可以说单细胞细胞周期研究在发育...
单细胞细胞周期矫正的目的从宽泛的角度来说是因为它可以消除由于细胞周期阶段不同而导致的基因表达异质性。在单细胞数据中,不同细胞可能处于不同的细胞周期阶段(如G1、S、G2或M期),这些阶段会影响细胞的基因表达模式,尤其是那些与细胞周期密切相关的基因。如果不进行细胞周期矫正,这些周期性变化的基因可能会误导后续...
如果读过一些单细胞的文献,应该会经常看到一群名为"cycling cell"的亚群,T细胞、B细胞、上皮细胞等等在分亚群的时候,都可能碰到。实际上,这群细胞只是因为高表达一些与细胞周期相关的基因,才会被单独聚成一群,里面可能包含多种细胞亚群的混合,只要它们处于细胞周期/增殖状态。
在进行单细胞分析时,由于细胞会处于各种细胞周期,此时不同类型地细胞可能因此表达相同细胞周期相关地基因,这些细胞周期相关基因会影响降维地效果,因此有必要进行细胞周期分析,将细胞周期相关地基因通过一定地方法回归掉,以此降低细胞周期相关基因对降维地影响。
10X单细胞转录组测序—常规流程 - 简书 (jianshu.com) 在我之前的文章中有包含细胞周期分析,甚至在刚开始的时候就已经将周期相关基因全部删掉了,在这里再做一个详细的介绍。 在进行完高变基因分析后,可将得到的seurat对象PBMC.all保存成PBMC.all2,用PBMC.all2进行以下分析,分析完再按照原文章中的流程继续分析。
众所周知,单细胞scRNA-seq是一种检测和描述组织中细胞异质性的革命性技术,但是表达的测量往往会存在较大的系统偏倚。这种偏倚的一个主要来源就是细胞周期,由于其引入了细胞内异质性,从而掩盖了细胞类型之间的 表达差异。 scRNA-seq数据的分析通常将细胞周期视为混杂因素,即可能扭曲所研究的生物效应的变量,例如,细胞类...
展示!用PI的A和W再圈一次单细胞圈好细胞主群,分别用fsc和ssc的A和H去黏连在弹出的对话框中选择PE-A选中这群细胞选择tools里面的cell cycle默认的细胞分析模式是watson(pragmatic),如果RMSD值太高,超过5,说明拟合不好,可以换成dean-jett-fox模式。一组实验需要使用同一模型拟合分析RMSD...