原文链接:[跟着顶刊学绘图 | 组学中多组热图绘制](跟着顶刊学绘图 | 组学中多组热图绘制) 一边学习,一边总结,一边分享!我们前面分享了NM的文章和代码( 组学绘图代码分享,作者提供全部图的绘制代码,你还不…
我们可以直接使用原作者的代码进行绘图和复现。 此外,本文的提供的代码是基于R语言,若你未使用R语言绘图,请忽略此推文内容。 绘图代码下载 我们在的文末提供了原文的绘图代码获取方式,以及原文文本(PS:我们社群也可以提供相关文献的下载获取)。 代码下载:github.com/michoug/Vani 原数据下载 原文图形 Fig.1 Fig. ...
不记录就会忘的绘图技能: 4⃣️venn图,所有组学的各种靶点取交集,必出的图,不太高级,但最直观 用draw venn diagram就可以画 3⃣️气泡图:富集分析后用p值和gene count就可以做出来,现在高分文章大多还会在用的图 比较normal 2⃣️PPI互作图:靶点与靶点的相互作用图 是筛选关键靶点的一个辅助 1⃣...
1.Origin绘制火山图 火山图(Volcanoplot)经常出现在芯片、测序等组学结果中用来展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型,常与热图、韦恩图(Venndiagram)等同时出现。 火山图包含2个重要概念:显著性与差异表达倍数。显著性一般设置p<0.05,差异表达一般我们按照Fold...
科研工作者必备:1.绘制类型:表达量热图;差异倍数热图;p值热图;关联热图等;2.适用组学:转录组、蛋白质组、甲基化组、小RNA组、代谢组、关联分析等;3.功能优势;数据处理;颜色调整;聚类;显示数字;下载聚类结果;多种图片格式输出;详细的使用手册;字号标题调整;
韦恩图、火山图、热图、PCA图都是蛋白质组学论文和项目报告常见图形~ 在本期视频中,杜老师将手把手带领大家使用通过软件TBtools绘制这4种经典图形🐱🏍 在视频的最后,还推荐了一款转换Excel格式的小插件帮助大家轻松实现组学数据分析☝赶紧点击学起来吧!
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今天给大家介绍一款发表在Nature Methods(IF=28.467)上的R包--trackViewer,可以对基因结构,SNP/突变结果,甲基化结果,组蛋白结果等进行高颜值的可视化,让你那些无处安放的多组学数据完美展示出来。 那么如何来实现呢,小编带着大家一步步来。 第一步:安装R包并导入 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释...
绘图准备 使用jcvi进行局部区域(感兴趣基因)共线性绘图需要准备三个文件: 1.各物种的基因组序列文件(即cds序列,fasta格式) 2.记录各物种基因位置信息的基因组注释文件(gff文件) 3.绘图布局文件(layout文件) 前两种文件的格式想必大家已经很熟悉了,在这里我们不再做赘述,那么,layout文件是怎样一种文件格式呢?
此外,还需要为共线性可视化准备两个配置文件:包含全部物种染色体信息的seqids文件,以及绘图的布局文件(layout文件)。 前两种文件的格式想必大家已经十分熟悉了(物种CDS 和GFF文件准备,以及利用python版mcscan工具做物种间的比较分析,组学大讲堂基因家族视频课程中有介绍)。