其次考虑有没有提供数据让程序推断系统进化关系,比如有没有提供序列信息 - 如果没有,那就不是系统进化树。 再次考虑每个分支是不是标准的物种名字,部分程序可以根据物种名获取进化关系 - 如果不是,那就不是系统进化树。 这个图推测绘制的应该是样本相关性热图,提供的是样本中基因或 OTU 或其它指标的丰度数据,计算...
我找到了一个解决方案，你应该把兰迪·格里芬在他的帖子里提出的所有论点都放在一边，事实上，这让你的...
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再次考虑每个分支是不是标准的物种名字,部分程序可以根据物种名获取进化关系 - 如果不是,那就不是系统进化树。 这个图推测绘制的应该是样本相关性热图,提供的是样本中基因或 OTU 或其它指标的丰度数据,计算相关性(也可能直接提供相关性矩阵),再进行层级聚类出的热图。树代表的是层级聚类的结果。
今天培训群里有人问了这么一个问题:这个热图上面的树是根据系统发育关系画的吗? 这个问题不只问过一次,类似的问题也有一些,拿到一个图不知道各部分是怎么来的。看到树就以为是进化树,看到点就是差异基因,看到颜色就是表达。 遇到这种问题,原因一般有 2 点: ...
首先考虑作图时有没有直接提供给程序系统进化关系 - 如果没有,那就不是系统进化树。 其次考虑有没有提供数据让程序推断系统进化关系,比如有没有提供序列信息 - 如果没有,那就不是系统进化树。 再次考虑每个分支是不是标准的物种名字,部分程序可以根据物种名获取进化关系 - 如果不是,那就不是系统进化树。
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其次考虑有没有提供数据让程序推断系统进化关系,比如有没有提供序列信息 - 如果没有,那就不是系统进化树。 再次考虑每个分支是不是标准的物种名字,部分程序可以根据物种名获取进化关系 - 如果不是,那就不是系统进化树。 这个图推测绘制的应该是样本相关性热图,提供的是样本中基因或 OTU 或其它指标的丰度数据,计算...