简要来说,sketch算法通过抽样取小子集的方式,可以对个小子集进行基础分析,以获得一个聚类和降维结果,然后通过ProjectData函数从抽样细胞中学习到的聚类标签和降维结果投影到整个数据集,这样可以大大节省内存和时间。 因此,这里可以重点学习一下Seurat v5是如何进行HD数据的标准分析流程(毕竟一个HD样本就拥有50W的单细胞)
sc.pp.filter_cells(adata,min_counts=10)sc.pp.filter_genes(adata,min_cells=5) 三. 标准分析流程 这里和scanpy单细胞/空转流程差不多,具体为: 使用scanpy.pp.normalize_total进行标准化, 使用sc.pp.log1p函数取对数, sc.pp.pca做主成分分析, sc.pp.neighbors计算邻域图,sc.tl.umap降维,sc.tl.leiden聚...
诸多单细胞及空转分析工具上线 在Hiplot官网搜索框中直接搜索单细胞,可以展示与单细胞数据分析相关的分析工具。 来自HZAU的在读博士“小潤澤”接连上架多个单细胞数据分析相关工具。 CARD反卷积工具,用于执行空间转录组学的空间信息细胞类型反卷积。CARD是根据从参考scRNA-seq数据中获得的细胞类型特异性表达信息来估计空间...
丰田汉兰达2.0T搭载的U661型6速手自一体变速箱的维修流程及关键注意事项 --- 1. **故障现象分析** - 常见故障包括换挡冲击、低速顿挫(如20-60km/h区间)、升档打滑(发动机空转)、油耗异常升高等。 - 通过路试和OBD电脑检测故障码,判断可能原因(如阀体磨损、离合器泄漏、油压不稳等)。 2. **油液与滤芯检查...
空间组织域的识别,这里使用的是BANKSY分析流程,可参考【空转数据分析之生态位聚类算法Banksy】; 整合scRNA-seq数据,即反卷积算法,这个我写了一系列的教程,例如: 这里Seurat官方使用了RCTD来整合HD数据和单细胞数据。 整合单细胞和空转数据多种方法之CellTrek ...