进一步的分析显示，除同源染色体外，亚基因组内部未发现大的同源区域。这可能暗示秋葵基因组在WGD事件后发生了大量基因丢失。保留的基因多与次级代谢产物的生物合成相关，这可能有助于提高秋葵抵抗生物和非生物胁迫的能力。另外，通过转录组与代谢组学的联合分析，我们深入探讨了秋葵不同发育阶段基因表达与营养物质动态变化...
因此,秋葵基因组被成功地分成了两个亚基因组,其中一组包含30条染色体,称为A亚基因组,另一组包含35条染色体,称为B亚基因组(图1)。此外,作者还确定了65条染色体上的候选着丝粒区域。 图1 黄秋葵基因组组装概况。 总体而言,55.59%的秋葵基因组序列被鉴定为转座元件(TES)。同时,长末端重复反转录转座子(LTR-RTS)...
秋葵Okra(Abelmoschus esculentus L. Moench)是重要的经济作物,以其黏汁液而闻名,该研究基于ONT和Illumina测序数据,对秋葵线粒体基因组进行组装和研究。组装结果表明,秋葵的线粒体基因组主要以2个独立分子的形式存在。此外,该研究发现秋葵的叶绿体和线粒体之间存在广泛的序列转移,并对秋葵线粒体基因组中的蛋白质编码基...
作者利用Illumina 和Nanopore 对秋葵的质体和线粒体基因组进行了测序,并对这两种细胞器基因组进行了比较研究。秋葵的质体基因组在结构上高度保守,但已证实秋葵的线粒体基因组具有丰富的亚基因组构型。组装结果表明,黄秋葵线粒体基因组主要以两个独立分子的形式存在,通过两对长重复序列可以分为四个独立分子。此外,作者...
黄秋葵基因组DNA提取及鉴定 黄捷12,陈晓斌2,叶花兰2刘国道1’2 (-中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所。儋州57173712海南大学农学院,儋州571737) 摘要:黄秋葵细胞内含有丰富的果胶类多糖等次生物质,降低了从中提取总DNA的产量和质量。为了 获得高质量的基因组DNA,采用改进的十六烷基三甲基溴化铵(CRAB)法进行...
1、秋葵染色体及基因组组装与注释 为了获得秋葵基因组,作者利用不同的测序手段得到了58.66 GB的HiFi长读数、55.18 GB的Hi-C配对读数和94.59 GB的Illumina测序读数。初始基因组组装为1.19 GB,由128个contig组成,contig N50大小为16.98 Mb。这些contig被进一步校正并锚定在65条伪染色体上,涵盖了99.96%的组装序列,与荧光...