这项研究评估了作为MAPK通路激活指标的ERK1/2磷酸化(p-ERK)在接受抗PD-1辅助治疗的胶质母细胞瘤中的预测价值。在三个独立的复发性胶质母细胞瘤患者队列中发现,在治疗前的肿瘤样本中,p-ERK 可预测抗PD-1辅助治疗后的OS。建立p...
这项研究评估了作为MAPK通路激活指标的ERK1/2磷酸化(p-ERK)在接受抗PD-1辅助治疗的胶质母细胞瘤中的预测价值。在三个独立的复发性胶质母细胞瘤患者队列中发现,在治疗前的肿瘤样本中,p-ERK 可预测抗PD-1辅助治疗后的OS。建立p-ERK的标准化评估方案对提高p-ERK的准确性和可靠性具有重要意义。对于接受免疫检查点...
1.GPS (Group-based Prediction System) GPS是一种基于群体的预测系统,可以预测蛋白质的磷酸化位点。 2.NetPhos NetPhos是一种非特异性的磷酸化位点预测工具。 3.PhosphoPredict PhosphoPredict可以预测PKA、PKC和PKG等蛋白激酶的磷酸化位点。 4.Mussel Mussel利用机器学习方法预测蛋白质的磷酸化位点。 5.KinasePhos ...
这项研究评估了作为MAPK通路激活指标的ERK1/2磷酸化(p-ERK)在接受抗PD-1辅助治疗的胶质母细胞瘤中的预测价值。在三个独立的复发性胶质母细胞瘤患者队列中发现,在治疗前的肿瘤样本中,p-ERK 可预测抗PD-1辅助治疗后的OS。建立p-ERK的标准化评估方案对提高p-ERK的准确性和可靠性具有重要意义。对于接受免疫检查点...
ERK1/2磷酸化(p-ERK)是MAPK/ERK通路激活的标志,可预测两个独立复发性胶质母细胞瘤(rGBM)患者队列中佐剂PD-1阻断后的总体生存率。单细胞RNA测序和多重免疫荧光分析显示,p-ERK主要定位于肿瘤细胞,高p-ERK GBM含有肿瘤浸润性髓样细胞和小胶质细胞,MHC类表达升高 II和相关基因。这些发现表明rGBM中ERK1/2的激...
文章提出了MusiteDeep，这是第一个用于预测一般磷酸化和激酶特异性磷酸化位点的深度学习框架。MusiteDeep将原始序列数据作为输入，并使用具有新型二维注意机制的卷积神经网络。MusiteDeep在一般磷酸化位点预测和激酶特异性磷酸化位点预测方面都展现了良好的性能。1、介绍 翻译后修饰(PTM)通常是指在蛋白质上添加共价官能团，...
因此,对磷酸化位点的预测在生物学和医学研究中非常重要。 一、方法 我们使用的是一个基于深度学习的方法,该方法可以从蛋白质序列中学习到磷酸化位点的模式。我们训练了一个神经网络模型,该模型使用了大量已知的磷酸化位点作为训练数据。 二、结果 我们的模型预测出了一些位点可能会被磷酸化。为了评估预测的准确性,...
1、磷酸化位点的预测分析,1,专业应用,什么是蛋白质磷酸化,目录,1,磷酸化的意义,2,磷酸化位点的预测方法,3,相关数据库,4,2,专业应用,1.什么是蛋白质磷酸化,常见的蛋白质翻译后修饰过程有六种 , 如泛素化 , 磷酸化 ,糖基化 ,酯基化 ,甲基化和乙酰化 ,其中磷酸化是蛋白质最重要的翻译后修饰之一,是在一...
基于计算机算法的方法是通过分析蛋白质序列和结构特征来预测磷酸化位点。下面我们将介绍几种常见的预测算法。 1. 序列检索法:利用公开的数据库,如UniProt,与已知磷酸化位点具有相似序列特征的蛋白质。这种方法基于假设,即具有相似序列的蛋白质可能具有相似的功能和磷酸化位点。 2. 机器学习方法:通过分析已知的磷酸化位点...
评估结果表明，DeepPhos在一般磷酸化预测方面优于现有方法。此外，该架构可以成功地应用于一系列激酶特异性磷酸化位点预测任务，从激酶基团水平到单个激酶水平，从基础一般DeepPhos模型逐层转移。进一步的评估还表明，DeepPhos在激酶特异性磷酸化位点预测方面具有更好的性能。一、背景 翻译后修饰（PTM）是通过共价和通常酶...