《碧蓝档案》的战斗玩法可以说是《少女前线》的走格子战旗与《公主连结》的类刀塔传奇玩法的改良版,在游戏中所有X-X的正式关卡在玩家进入关卡后都会进入一个由若干个六边形构成的小地图,玩家需要在小地图上部署队伍,并选择行动的路线,在地图上玩家和敌人将轮换进行行动,当两方的角色走到同一格子的时候则会进入战斗。