以基因表达水平之间的相关性为例,R版本R 4.2.2。 读取数据,命名为td: td <-read.table("testdata.txt", header=T) 看一下数据结构: 每个基因为1列,一共10个基因。 class(td) 显示为data.frame格式。 1.方法1:corrplot绘制相关性热图 library(corrplot) 1.1 计算相关系数 cor (td, method="pearson") ...
Sunagawa, S., Coelho, L. P., Chaffron, S., Kultima, J. R., Labadie, K., Salazar, G., ... & Velayoudon, D. (2015). Structure and function of the global ocean microbiome.Science,348(6237), 1261359. 其实这类相关性热图是使用R语言的ggcorrplot或corrplot包绘制的。能调整多种样式,你...
在R语言中绘制相关性热图是一个常见的数据可视化任务,它可以帮助我们直观地理解变量之间的相关性。以下是详细的步骤和代码示例,用于在R中绘制相关性热图: 1. 准备相关性数据 首先,我们需要有一个数据集,并计算变量之间的相关性矩阵。这里我们使用R自带的mtcars数据集作为示例。 R # 加载示例数据 data <- mtcar...
文章被收录于专栏:R语言数据分析指南 ❝最近在绘制相关性网络热图的时候突然有一个小的发现,可以使用相关性热图的数据来结合「linkET」来绘图,以前一直认为为必须使用「mantel_test」才行;果然绘图还得多思考;本节就来通过一个案例将两份数据结合起来进行绘图; 加载R包 代码语言:javascript 复制 library(tidyverse)...
使用corrplot函数绘制变量相关性图, 视频播放量 1.8万播放、弹幕量 4、点赞数 356、投硬币枚数 197、收藏人数 1087、转发人数 139, 视频作者 模型机器数据科学, 作者简介 代码在公众号:模型机器,答疑辅导找微信:AuTrader,相关视频:R语言corrplot包绘制带显著性标记热图
r描述的是两个变量间线性相关强弱的程度。r的绝对值越大表明相关性越强。r的取值在-1与+1之间,若r>0,表明两个变量是正相关,即一个变量的值越大,另一个变量的值也会越大;若r<0,表明两个变量是负相关,即一个变量的值越大另一个变量的值反而会越小。r 的绝对值越大表明相关性越强,要注意的是这里并...
col="black",tl.cex=1.2,diag=FALSE, cl.pos="n",pch.col = "black", number.cex = 0.8,order = "AOE") 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 图3|相关性热图。右上角为添加显著性标记相关性热图,左下角是相关性系数r值。 参考文献 Visualization of a correlation matrix using ggplot2...
安装和加载需要的R包:ggplot2用于数据可视化,reshape2用于数据变形。 创建示例数据:这里使用内置数据集mtcars中的五个变量。 计算相关性矩阵:使用cor()函数计算各变量之间的相关性。 绘制热图:使用ggplot2的geom_tile()函数来创建热图,同时设置颜色渐变来反应不同的相关性值。
一、加载R包 if (!require(corrplot)) install.packages("corrplot") if (!require(Hmisc)) install.packages("ggplot2") library(ggplot2) library(corrplot) 二、加载示例数据 # 示例数据 data <- mtcars 三、计算相关性 1. 计算代码 cor_matrix <- cor(data, use= 'pairwise.complete.obs',method=...
其实这类相关性热图是使用R语言的ggcorrplot或corrplot包绘制的。能调整多种样式,你也能像顶刊一样绘制相关性结果。 ggcorrplot包 接下来介绍ggcorrplot包,进行一个简单的绘制,ggcorrplot包是2017年开发的,比较早,所以功能也比较简单。 首先安装ggcorrplot包 ...