这份教程的链接地址是https://www.royfrancis.com/beautiful-circos-plots-in-r/ 但是他没有公布完整的数据,只是提到了数据的格式,我试着按照他提到的数据自己模拟了一份数据 首先是最外圈染色体的长度信息 因为只有三条染色体,数据不多,直接通过代码输入 circos.initialize(factors=c("genome_1","genome_2","gen...
跟着Gut学画图:R语言ggtree包画弦图的简单小例子 今天的推文内容是模仿论文Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents中的Figure3A image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra,对应的论文里有一个图 image.png 最内圈基本是一...
GOplot那个R语言包画弦图展示GO富集分析的结果,图还挺漂亮的,但是如果是自己的数据到最终他的画图需要的输入数据还挺麻烦的,我这边写了一个python脚本,希望可以简化画图数据的准备过程,脚本写的比较丑,但是凑合着能用 你自己需要准备的数据是 GO富集分析的结果 感兴趣的基因列表(每行一个基因名) 感兴趣的基因对应...
https://github.com/CornilleAmandine/-apricot_evolutionary_history_2021 其中有一个画弦图的代码 正好自己最近在学习circlize这个包,所以重复一下这个代码 但是这个代码只有一部分,数据也只公开了染色体长度的部分,所以我们只能按照这个代码画出最外圈表示染色体的部分,也就是论文中Figure6 a 的最外圈 以下是代码 首先...
其中有一个画弦图的代码 正好自己最近在学习circlize这个包,所以重复一下这个代码 但是这个代码只有一部分,数据也只公开了染色体长度的部分,所以我们只能按照这个代码画出最外圈表示染色体的部分,也就是论文中Figure6 a 的最外圈 以下是代码 首先是读入染色体的长度 ...
R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra,对应的论文里有一个图 image.png 最内圈基本是一样的,实现这个内圈的函数是ggtree包的geom_taxalink()函数,这里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree会遇到报错Error in numnotnull("fontsize") : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因,我安...
跟着Gut学画图:R语言ggtree包画弦图的简单小例子 今天的推文内容是模仿论文 Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents 中的Figure3A image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra...
R语言circlize包画一幅好看的弦图~完整示例数据和代码,前些天在网上看到的代码,他最终的出图如下这份教程的链接地址是https://.royfrancis.com/beautiful-cir...
牧羊的男孩儿 公众号 小明的数据分析笔记本 分享R语言数据处理可视化的内容关注 视频活动 校园学习计划 · 考研季 R语言GOplot包画弦图展示GO富集分析的结果发布于 2020-11-14 23:02 · 1937 次播放 赞同5添加评论 分享收藏喜欢 举报...
其中有一个画弦图的代码 正好自己最近在学习circlize这个包,所以重复一下这个代码 但是这个代码只有一部分,数据也只公开了染色体长度的部分,所以我们只能按照这个代码画出最外圈表示染色体的部分,也就是论文中Figure6 a 的最外圈 image.png 以下是代码 首先是读入染色体的长度 ...