跟着Gut学画图:R语言ggtree包画弦图的简单小例子 今天的推文内容是模仿论文Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents中的Figure3A image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra,对应的论文里有一个图 image.png 最内圈基本是一...
其中有一个画弦图的代码 正好自己最近在学习circlize这个包,所以重复一下这个代码 但是这个代码只有一部分,数据也只公开了染色体长度的部分,所以我们只能按照这个代码画出最外圈表示染色体的部分,也就是论文中Figure6 a 的最外圈 以下是代码 首先是读入染色体的长度 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释...
牧羊的男孩儿 公众号 小明的数据分析笔记本 分享R语言数据处理可视化的内容关注 视频活动 校园学习计划 · 考研季 R语言GOplot包画弦图展示GO富集分析的结果发布于 2020-11-14 23:02 · 1937 次播放 赞同5添加评论 分享收藏喜欢 举报...
第八个参数是输出文件的名字 这样就获得了output-1.txt这个文件,接下来是R语言里的代码 df<-read.csv("D:/Jupyter/GOplot/example/output-1.txt", header = T, sep="\t", row.names = 1, check.names = F) head(df) df<-df[,1:dim(df)[2]-1] 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7...
这份教程的链接地址是https://www.royfrancis.com/beautiful-circos-plots-in-r/ 但是他没有公布完整的数据,只是提到了数据的格式,我试着按照他提到的数据自己模拟了一份数据 首先是最外圈染色体的长度信息 因为只有三条染色体,数据不多,直接通过代码输入 ...
跟着Gut学画图:R语言ggtree包画弦图的简单小例子 今天的推文内容是模仿论文 Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents 中的Figure3A image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra...
### 弦图 ### 参考链接 ### https://www.royfrancis.com/beautiful-circos-plots-in-r/ '''library(readxl)cov<-read_excel("beautiful_plot/circlize/example_df.xlsx",sheet="Sheet1")cov gc<-read_excel("beautiful_plot/circlize/example_df.xlsx",sheet="Sheet2")gc ...
GOplot那个R语言包画弦图展示GO富集分析的结果,图还挺漂亮的,但是如果是自己的数据到最终他的画图需要的输入数据还挺麻烦的,我这边写了一个python脚本,希望可以简化画图数据的准备过程,脚本写的比较丑,但是凑合着能用 你自己需要准备的数据是 GO富集分析的结果 ...
如何使用R语言circlize包绘制弦图? R语言circlize包绘制弦图的示例数据哪里获取? circlize包绘制弦图的代码怎样优化? 前些天在网上看到的代码,他最终的出图如下 image.png 这份教程的链接地址是 https://www.royfrancis.com/beautiful-circos-plots-in-r/ 但是他没有公布完整的数据,只是提到了数据的格式,我试着按照...
跟着Gut学画图:R语言ggtree包画弦图的简单小例子 今天的推文内容是模仿论文Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents中的Figure3A image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra,对应的论文里有一个图...