DNA甲基化是指在DNA序列中特定位置上的甲基基团,它是一种重要的表观遗传学标记。DMP数据分析可视化通过将基因组中的DNA甲基化水平与各种生物过程(如基因表达、细胞分化、癌症发生等)相关联,帮助研究人员深入理解DNA甲基化的功能和作用机制。DMP数据分析可视化涉及多个步骤,包括数据预处理、标准化、差异分析、富集分析以及...
再通过自由度为n1+ n0-2的t检测获得pval值,通过FDR获得qval值,进行差异甲基化位点分析。 然后结合R包InfiniumPurify通过考虑肿瘤样本的纯度,利用线性回归模型建模,从而可以达到“纯化”癌症样本的目的。通过对肿瘤样本,正常样本以及肿瘤细胞的纯度数据建立线性回归模型,矫正纯度效应后,在甲基化相关差异位点,得到纯化的肿...
亲自示范“疾病甲基化数据的可视化分析” (1)软件数据加载 我们选择Humanhg19这个基因组作为参考基因组,这个参考基因组下的数据量最大。在此基础上,我们选择公开的数据集引入人类表观基因组数据,生成一系列可用的表观修饰数据并选择加载2737个不同类型的轨道。系统默认加载模式细胞系IMR90(人胚肺成纤维细胞)的数据。
这样,一个基本的数据可视化过程就展现出来。 我们可以看出肺癌数据的蓝色波峰普遍高于正常的甲基化程度。对该区域中15个特定位点的甲基化水平进行分析,采用单侧检验方法得出P值为0.0354。可得出结论,肺癌甲基化数据的CpG丰度偏高。 不同修饰信号的数据比较 下边,我们挑选了3种和肺癌有关的不同轨道类型: H3K4me1 of ...
针对甲基化芯片数据分析DMC和DMR的软件是COHCAP,而COHCAP软件只能处理芯片和靶向测序数据。 所以我们迫切想找到一款软件可以分析山羊的CpG island。 通过查阅文献,我们找到seqmonk软件,其能够对甲基化数据可视化分析,和IGV差不多,而IGV主要是可视化DNA数据,通过bam看位点、断裂点等附近reads覆盖情况。
然而,现有的甲基化数据库主要关注平均甲基化水平,忽略了相位甲基化模式。 单个测序读段上的CpG位点的甲基化状态代表了离散的DNA甲基化单体型(mHaps)。 在此,我们介绍mHapBrowser,这是一个用于可视化和分析mHaps的综合性数据库。 我们系统地处理了来自公共存储库的人类、小鼠和大鼠多种组织的数据,为6366个样本生成了...
肿瘤甲基化水平和纯度之间的高度相关性可以表明肿瘤甲基化水平严重受肿瘤纯度的影响,而从癌症病人那里通过手术获得的肿瘤组织又都是不纯的,从而可以说明我们所获得的肿瘤样本的甲基化水平值由于受肿瘤样本纯度的影响偏离“纯癌症”样本的甲基化水平值更远,并不能代表此癌症样本的纯的甲基化水平,所以估计“纯化”癌症样本...
肿瘤甲基化水平和纯度之间的高度相关性可以表明肿瘤甲基化水平严重受肿瘤纯度的影响,而从癌症病人那里通过手术获得的肿瘤组织又都是不纯的,从而可以说明我们所获得的肿瘤样本的甲基化水平值由于受肿瘤样本纯度的影响偏离“纯癌症”样本的甲基化水平值更远,并不能代表此癌症样本的纯的甲基化水平,所以估计“纯化”癌症...
肿瘤甲基化水平和纯度之间的高度相关性可以表明肿瘤甲基化水平严重受肿瘤纯度的影响,而从癌症病人那里通过手术获得的肿瘤组织又都是不纯的,从而可以说明我们所获得的肿瘤样本的甲基化水平值由于受肿瘤样本纯度的影响偏离“纯癌症”样本的甲基化水平值更远,并不能代表此癌症样本的纯的甲基化水平,所以估计“纯化”癌症样本...