首先基于RWR算法计算偏头痛各类生物过程、都梁方各组(复方、单味药和成分群)与随机对照组对偏头痛PPI背景网络影响的得分向量;然后分别将随机对照组与都梁方各组同偏头痛各类生物过程得分向量进行Pearson分析;最后基于Z得分计算公式以随机对照...
用Metascape平台(https://metascape.org/)进行基因本体论(gene ontology,GO)生物过程(biological process,BP)富集,得到血栓相关基因的生物过程,通过Cytoscape 3.9.1软件将其聚类为不同生物过程[24]。 1.3桃红四物汤抗血栓生物过程富集及协...
1.4基于RWR算法和生物过程网络的都梁方成分群协同治疗偏头痛定量分析 首先基于RWR算法计算偏头痛各类生物过程、都梁方各组(复方、单味药和成分群)与随机对照组对偏头痛PPI背景网络影响的得分向量;然后分别将随机对照组与都梁方各组同偏头痛各类生物过程得分向量进行Pearson分析;最后基于Z得分计算公式以随机对照组的Pearson...
用 Metascape 平台 ( https://metascape.org/ ) 进行基因本体论 ( gene ontology,GO)生物过程(biological process,BP) 富集,得到血栓相关基因的生物过程,通过 Cytoscape 3.9.1 软件将其聚类为不同生物过程[24]. 1.3 桃红四物汤抗血栓生物过程富集及协同作用 初步分析 将收集的酒当归,生川芎,酒地黄,酒白芍, 燀...
基于蛋白质Gene Ontology(GO)生物学过程(Biological Process,BP)功能注释,大多数蛋白质参与免疫相关的生物学过程,如补体激活、体液免疫等。基于蛋白质KEGG通路注释,蛋白主要富集于与免疫系统相关的多个通路,如补体和凝血级联反应等。 图1.20种作为潜在AIDS-NHL生物标志物候选蛋白质的基本信息...
基因本体生物过程 (Gene Ontology Biological Process,简称GOBP) 是一个广泛使用的生物信息学工具,用于分析和理解基因的功能。GOBP 的主要目的是将大量复杂的生物学信息整理成一组易于理解和使用的术语,从而使研究者能够更好地理解基因之间的功能联系。 GOBP 包含了数千种生物学过程,从细胞代谢和信号传导到生殖和发育...
GO注释分为三大类:分子生物学功能(Molecular Function,MF)、生物学过程(Biological Process,BP)和细胞学组分(Cellular Components,CC),通过这三个功能大类,对一个基因的功能进行多方面的限定和描述。而KEGG,大多数人会将其当做一个基因通路(Pathway)的数据库,其实KEGG的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、...
这是一篇来自 OSF PREPRINTS 2023 年 9 月发表的文章:「Engineering is evolution: a perspective on the biological design process」,再创对精华内容进行了整理。传统观点常常将定向进化和理性设计视为彼此对立的两种方式,该文章颠覆了这个观点。通过将这些不同的设计方法统一起来,我们可以为解决复杂的生物设计问题提供...
GO 功能富集分析结果显示，上调基因的BP 主要富集在RNA 聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控、炎症反应的负调控、成纤维细胞生长因子反应、成骨细胞分化的负调控以及血管新生等，CC 主要富集在细胞核和细胞质，MF 主要富集在DNA 结合以及RNA 聚合酶Ⅱ核心启动子的转录激活子活性；下调基因的BP 主要富集在炎症反应、干扰素-γ...
Gao XJ, Qi YS, Wang P. Modeling, Optimization and Diagnosis of Biological Fermentation Process. Beijing: Science Press, 2016: 277 (in Chinese). 高学金, 齐咏生, 王普. 生物发酵过程的建模、优化与故障诊断. 北京: 科学出版社, 2016: 277. ...