一般来说,beta多样性被分解为两个不同的过程,即周转(turnover)和丰富度变化(其特例是嵌套(nestedness)[ 嵌套(nestedness):广义上的嵌套是指任何小的生物群落是大的生物群落子集的分布格局]),分别描述了物种在群落中的更替和物种的增加或减少。这两个组成部分意味着决定生物多样性模式的不同生态过程。量化beta多样性...
虽然通过PCoA或者NMDS等分析手段可以展示各组样本的微生物组成差异及组间差异,但是,这只是初步进行展示,仅此还无法准确判断组间差异大小及显著性。因此,我们还需要通过其他方式进行进一步检验。而Anosim(analysis ofsimilarities,相似性分析)、MRPP(Multiple ResponsePermutation Procedure,多元响应置换分析)及A...
β多样性,即两地点之间物种组成的差异,对于理解物种多样性的时空格局以及控制群落组成和结构的机制至关重要。 然而测序技术中的测序错误、偏差、重现性和定量能力低导致定量β多样性十分困难,且会极大地高估群落的多样性。 本文针对群落大小已知和未知两种情况,基于一般采样理论(general sampling theory)分别提出了数学框架...
#计算细菌,真菌和古菌 Beta 多样性有关的群落差异指数 dis_bacteria<- vegan::vegdist(t(bacteria[,1:24]), method = 'bray') dis_archaea<- vegan::vegdist(t(archaea[,1:24]), method = 'bray') dis_fungi<- vegan::vegdist(t(fungi[,1:24]), method = 'bray') index<-rbind(dis_bacteria,d...
一般来说,beta多样性被分解为两个不同的过程,即周转(turnover)和丰富度变化(其特例是嵌套(nestedness)[ 嵌套(nestedness):广义上的嵌套是指任何小的生物群落是大的生物群落子集的分布格局]),分别描述了物种在群落中的更替和物种的增加或减少。这两个组成部分意味着决定生物多样性模式的不同生态过程。量化beta多样...