生物网络是对生物系统以图(graph)的方式抽象后的表示方式。在生物网络中,组成生物系统的元素为节点,元素之间的相互联系为边。例如,在蛋白质相互作用网络中,细胞中的蛋白质为节点,蛋白质间的相互作用(如结合)为边。 生物网络对于理解复杂的生物系统很重要,一是可以描述生物系统涌现出的网络结构特性,二是可以横向比较...
生物网络是将复杂的大分子简化为“节点”、将它们之间大量的相互作用(物理、生化或功能关系)简化为“边”而构建的复杂网络。生物网络的构建有利于全面、系统地理解整个人类相互作用组。本节介绍几种类型的生物网络,包括人类蛋白-蛋白相互作用网络、异构体-异构体网络、遗传相互作用网络、代谢网络、大脑网络和药物-靶标...
我们称生物系统中的各个网络为 生物网络 biological network。网络是具有可连接成一个整体的子单元的系统,如由单个物种连接成的食物链网。生物网络为人们在生态学、进化学和生理学研究中发现的联系提供了数学表达方式,例如神经网络这一说法的出现。 网络生物学和生物信息...
为了“说清楚、讲明白”中医药的科学原理,清华大学北京市中医药交叉研究所所长李梢教授潜心研究20余年,深入探索中医药复杂系统的奥秘,首次提出符合中医药整体特色的“生物网络、网络靶标”理论,开辟了中医药网络药理学方向。 做一名探路者可能比做医生更有意义...
BIONIC是一种深度学习算法,它扩展了GCN架构以整合生物网络 。与其他无监督的方法相比,BIONIC产生的基因特征能够很好地捕捉功能信息。BIONIC可以以半监督的方式使用标记的数据,在其他情况下,它可以是纯粹的无监督。与现有的无监督方法相比,BIONIC可以扩展到更多数量和规模输入网络。
微生物网络是研究微生物群落结构的一种越来越流行的工具,因为它们整合了多种类型的信息,并可能代表系统水平的行为。理解这些网络并不是一项简单的工作,通常网络特性中的生物学意义是不清楚的。通过分析微生物网络使得研究人员能够预测枢纽物种和物种之间的相互作用。这种分析可以帮助鉴定可以替代的群落状态和生态位。这里,...
生物神经网络是模仿大脑神经系统的一种计算模型,它基于神经元之间的相互连接和信息传递方式,具备学习、适应和处理信息的能力。正是这种模型的灵活性和高效性,使得生物神经网络成为人工智能领域的重要研究对象。 一、神经元:小小细胞背后的巨大力量 在生物神经网络中,神经元是基本的功能单元。神经元由细胞体、轴突和树突组...
生物网络是对生物系统以图(graph)的方式抽象后的表示方式。在生物网络中,组成生物系统的元素为节点,元素之间的相互联系为边。例如,在蛋白质相互作用网络中,细胞中的蛋白质为节点,蛋白质间的相互作用(如结合)为边。 生物网络对于理解复杂的生物系统很重要,一是可以描述生物系统涌现出的网络结构特性,二是可以横向比较...
LNDP 由一组参数化组件组成，旨在定义神经和突触动态，并使人工神经网络具有结构可塑性（即突触可以动态添加或移除）。受生物自发性活动（spontaneous activity，SA）的启发，研究团队进一步扩展了系统，引入了一种可实现预经验（pre-experience）发展的机制，用感觉神经元的简单可学习随机过程建模 SA，这使得一些组件可以...
第五天：系统复习，构建完整知识网络 在前几天的基础上，我们需要对生物知识进行系统复习，构建完整的知识网络。这一天，我们将以“生物圈中的碳循环”为例进行串联和整合。实例：“生物圈中的碳循环”涉及光合作用、呼吸作用以及生态系统的能量流动等多个知识点。我们可以通过绘制碳循环的图解，将各个知识点联系起来...