109,快速绘制生存曲线。TCGA数据库单基因的预后分析,OS本研究使用R语言进行生存预后分析。R包包括survival包(用于生存分析)、survminer包(用于绘制生存曲线)以及ggplot2包(用于图形处理)。基于基因表达水平(gene)的中位数,将样本分为“高表达组”和“低表达组”
通过参数设置,我们可以分析不同亚组、不同病理参数、不同治疗模式、不同数据集的患者预后,由此也看出来Kaplan-Meier Plotter数据库的强大。 第二款:SPSS软件 ★★★ SPSS软件制作生存曲线是最经典的做法,只要你有数据就能做,就是不熟悉SPSS的孩纸会感觉稍稍复杂。直接上数据吧!假定:分组信息(0低表达;1高表达)、...
简单回顾一下,提取生存时间会用到TCGA数据库下载的metadata.txt文件,这个文件大家很熟悉,可以直接在TCGA数据库下载的;差异分析涉及的内容就比较多,首先要从TCGA数据库下载基因表达数据,然后用perl脚本合并所有样本的表达矩阵,得到矩阵之后,要对ID进行转换,TCGA数据库用的是ensmbol ID,需要转换gene symobl,得到gene sym...
利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析 UCSC的分析入口 打开UCSC Xena网站:UCSC Xena。(网页速度可能不太稳定) 点击界面的GET STARTED,在打开的界面右上角点Launch Xena Browser,界面如图,进入分析界面。 利用UCSC分析TCGA数据库中乳腺癌样品 在serch a study中选择TCGA Breast Cancer (BRCA),D... ...
microRNA相关数据库介绍(一):《miRpathDB》miRNA-pathway分析数据库 睁不开眼的慵懒先生 18:54 睁不开眼的慵懒先生 01:05 女子上臂长肿物,外院未明确性质便手术切除,术后病理考虑滑膜肉瘤。肿物性质未明确盲目手术,可能会让预后变得更不可控。 骨肿瘤科谢显彪教授 ...
1. 从TCGA数据库下载转录组FPKM数据,lncRNA数据,miRNA数据,以及临床数据。 2. 数据整理,并且加上gene type。 3. 提取客户指定基因的生存数据(也可以某种癌症全部基因的生存分析)。 4. 下载临床数据,并将客户指定基因和生存数据合并。 5. 差异分析,绘制柱状图和散点图。 6. 生存分析,绘制生存曲线并计算高...
TCGA数据库挖掘之CNV拷贝数变异分析生信视频课程 生信自学网 888212 22:17 可变剪切5分文章套路视频(预后相关的调控网络/TCGA数据库) 生信自学网 21:15 ROC曲线详解-金融风控模型区分能力评估核心指标 python风控模型 14:34 TCGA数据库挖掘Cox分析课程ROC曲线单因素多因素COX分析 ...
用到的都是上面多因素分析得到的数据,用所有样本的风险比例,生存时间,就可以做生存曲线,ROC曲线。 六、高低风险热图绘制 这里需要用到两个数据,一个是Cox多因素分析得到的基因,这个是根据Cox公式计算得到的,这里我们得到了7个,提取这7个基因的表达量,还有这7个基因在高低风险的分类,就可以绘制一张热图,热图从左...
用到的都是上面多因素分析得到的数据,用所有样本的风险比例,生存时间,就可以做生存曲线,ROC曲线。 六、高低风险热图绘制 这里需要用到两个数据,一个是Cox多因素分析得到的基因,这个是根据Cox公式计算得到的,这里我们得到了7个,提取这7个基因的表达量,还有这7个基因在高低风险的分类,就可以绘制一张热图,热图从左...
用到的都是上面多因素分析得到的数据,用所有样本的风险比例,生存时间,就可以做生存曲线,ROC曲线。 打开网易新闻 查看精彩图片 打开网易新闻 查看精彩图片 六、高低风险热图绘制 这里需要用到两个数据,一个是Cox多因素分析得到的基因,这个是根据Cox公式计算得到的,这里我们得到了7个,提取这7个基因的表达量,还有这7...