【TCGA、RNA-Seq生信分析全套流程一】:UCSC—Xena下载TCGA数据整理 2.5万 34 24:43 App 单细胞测序数据挖掘视频(GEO数据库/scRNA-seq/PCA/ tSNE) 4880 2 14:55 App 单细胞测序-数据分析-概述 拿到单细胞测序的数据后该怎么办? 5500 1 1:09:51 App 单细胞测序生信分析入门-基础分析篇 2.3万 14 29:30...
func_compare__groups__str:做DMP和DMR分析时候要指定的比较分组,多个分组间用;号隔开 func_runBlock: 是否进行比较耗时的block分析,默认为FALSE func_runGSEA:是否进行比较耗时的GSEA分析,默认为FALSE func_runCNA:是否进行比较耗时的CNA分析,默认为FALSE nested_function:是否嵌套函数 run_file_path:甲基化beta矩阵...
选择生信工具-高级版-数据集模块-火山图。 选择GSE71226数据集,基本参数设定FC>1, P<0.05,点击确认 第三部分 富集分析|图1&图2 选择功能聚类-GO|KEGG富集分析-输入想要富集的基因-选择物种-点击确定,保存结果 选择功能聚类-GO|KEGG富集分析-输入想要富集的基因-选择物种-点击确定,保存结果为GO2 选择功能聚类-GO...
func_compare__groups__str:做DMP和DMR分析时候要指定的比较分组,多个分组间用;号隔开 func_runBlock: 是否进行比较耗时的block分析,默认为FALSE func_runGSEA:是否进行比较耗时的GSEA分析,默认为FALSE func_runCNA:是否进行比较耗时的CNA分析,默认为FALSE nested_function:是否嵌套函数 run_file_path:甲基化beta矩阵...
生信常规分析工具及教程 分享生物信息学常用工具分析教程及代码实现 生信狗的修炼秘籍 · 11 篇内容
甲基化数据的Combat去除批次效应分析 甲基化数据的DMP差异甲基化位点分析 甲基化数据的DMR差异甲基化区域分析 甲基化数据的差异block分析 甲基化数据的GSEA分析 甲基化数据的CNA分析 参数解释 func_arraytype:可选450k或EPIC,EPIC是870K的甲基化芯片 func_resultsDir: 分析结果要保存的目录 ...
01、生信研究入门 想入门生信研究,新手小白需要选择一个合适的切入点,本次导学营将分享实用的生信发文技巧和经验,帮助大家快速入门生信研究,降低学习门槛。 02、生信研究参数结构 生信研究有四个基本的要素,两恒量两变量,在此之上还有四个数据分析的模块,就是四个标准数据分析模块,他们之间也是有类似的层次递进关系。
5内置函数进行富集分析 WGCNA包内也内置了分析函数,可以直接调用。😙 5.1 GO富集分析 GOenr <- GOenrichmentAnalysis(moduleColors, allLLIDs, organism = "mouse", nBestP = 10); tab <- GOenr$bestPTerms[[4]]$enrichment names(tab) write.table(tab, file = "GOEnrichmentTable.csv", sep = ","...
生信技术讲解6: 列线图(Nomogram)原理及应用 #技术分析 #生信分析 #生信人 #教程 #SCI - 生信人于20230301发布在抖音,已经收获了4.1万个喜欢,来抖音,记录美好生活!
选择生信工具-高级版-数据集模块-火山图。 选择GSE71226数据集,基本参数设定FC>1, P<0.05,点击确认 第三部分 富集分析|图1&图2 选择功能聚类-GO|KEGG富集分析-输入想要富集的基因-选择物种-点击确定,保存结果 选择功能聚类-GO|KEGG富集分析-输入想要富集的基因-选择物种-点击确定,保存结果为GO2 ...