本文主要基于已开展的代表性地球病毒组研究,探讨环境宏病毒组的分析思路,然后介绍目前两种主流的病毒重叠群的识别工具VirSorter和VirFinder的使用方法。 环境宏病毒组学分析思路: 通过以下宏病毒组分析的常规流程(图1),可重构环境样本中病毒基因组草图,进而获取基因组注释、分类学信息、基因组质量、组成与丰度分布、宿主...
红树林中的病毒群落直接影响碳循环过程,而北极永久冻土中的病毒与碳代谢、有机物降解和其他生态系统功能的调节有关。尽管这些研究主要集中在 DNA 病毒上,但最近的宏转录组学研究表明,RNA 病毒构成了水生病毒的很大一部分,并与土壤碳循环有...
方法:收集来自中国七个地质环境区域的607个监测井的地下水样本,进行理化性质检测、宏基因组测序,应用四种病毒鉴定方法构建了地下水病毒组目录(GWVC)并进行病毒组相关分析。 主要结果及结论: 1. 建立了包含280,420种病毒(基因组大小≥5 kb)的GWVC,与现有的公共病毒数据库相比,GWVC使已知的地下水病毒种类增加了约...
疫情期间,由于国际上呼吁对新冠病毒的源头进行调查,达斯扎克也随从世卫组织专家一同前往中国。虽然这一短暂的调研难以最终确定新冠病毒来源。但包括达斯扎克在内的专家认为,新冠病毒来自自然界。 在达斯扎克看来,“2003年,SARS病毒率先在中国暴发,很多人忽视了野生动物市场交易。而导致此次新冠大流行,主要原因归结于我们仍...
近日,我院黄立南教授课题组利用大规模宏基因组数据,探究酸性矿山废水(acid mine drainage, AMD)底泥环境中病毒物种和功能的生物地理分布及其对原核微生物群落、理化因子、气候条件以及地理距离的响应,促进了我们对于自然环境中病毒-宿主-环境三者间相互作用关系的理解。
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Nature顶刊分享—水生病毒的宏基因组。🔥水生环境中的RNA病毒研究仍然很少 🔥在这里,我们分析了来自中国长江口附近洋山深水港约10公升水的RNA病毒体,识别出超过4500种不同的RNA病毒,是之前已知病毒组的两倍。系统基因组学分析 - 永搏生物技术于20221121发布在抖音,
深入分析表明,检测到的序列不是病毒来源,因此不应在病毒组分析方法中考虑。我们的研究证实了参数选择的重要性,特别是在读取长度方面对于可靠的病毒组分析。自然环境是冠状病毒样核苷酸序列的重要来源,在分析和解释病毒组数据集时,应将其考虑在内。因此,我们建议在宿主相关样本和环境样本中仔细选择SARS-CoV-2分析的处理...
这一研究的重要性不仅在于揭示了城市空气中病毒的丰富多样性,更在于其对环境和生态健康的潜在影响。在该研究中,温廷益团队与中国农业大学合作,通过对13个空气样本的分析,收集了总计263.5Gb的数据。 此外,病…
病毒组揭示牡蛎体内的新型RNA病毒。牡蛎是近岸海洋生态环境的基石物种,是世界上产量最高的海水养殖品种,为人们提供了大量的优质蛋白。然而牡蛎相关病毒研究数据匮乏,相关病原鉴定工作进展缓慢,日益严峻的牡蛎病害问题正严重威胁着牡蛎养殖业的健康发展 - chenkang于2023