图1|物种丰度及分类单元注释信息,spetax.csv。 图2|样本分组信息,group.csv。 二、 物种组成堆叠图 在门水平绘制物种组成堆叠柱形图,可以绘制绝对丰度堆叠图,也可以使用相对丰度绘制百分百堆叠图。 2.1 绝对丰度物种组成堆叠柱形图 # 2.1.1 物种组成数据按照门进行汇总 ## spe和tax数据表中物种排序一致 library(
树+柱+堆叠图组合 p3 <- facet_plot(p2, panel = 'Abundance Barplot', data = Taxonomies, geom = geom_barh,mapping = aes(x = Abundance, fill = as.factor(Phylum)),color = "black",stat='identity' ) p3 撰文:五谷杂粮
用R语言做物种相对丰度百分比堆叠图,为什么group组会出现空值,求大神解答! # 读入数据 ## 物种组成数据 spetax <- read.table("spetax_16s.csv", header=T, row.names=1, sep=",", comment.char="",stringsAsFactors = TRUE,quote = "") head(spetax) ## 将物种分类单元注释信息与丰度数据分开 spe <...
# 设置 Seaborn 样式sns.set(style='whitegrid')# 绘制堆叠图pivot_df.plot(kind='bar',stacked=True,color=sns.color_palette("Paired"))# 添加图表标题和标签plt.title('物种丰度堆叠图',fontsize=16)# 增加字体大小plt.xlabel('地区',fontsize=14)plt.ylabel('丰度',fontsize=14)# 显示图表plt.show(...
图2.1-4 2.2 使用ggplot2绘图 p<-ggplot(data5,aes(x=sample,y=100*value,fill=Taxonomy))+#数据输入:样本、物种、丰度geom_col(position='stack',width=0.6)+# stack:堆叠图scale_y_continuous(expand=c(0,0))+# 调整y轴属性,使柱子与X轴坐标接触scale_fill_manual(values=rev(c('#FF0000','#FF88...
这次的聚类加物种丰度展示让我们学习一波。之前推出了用R语言的plot绘制的教程。 R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图 但修改细节仍比较麻烦。今天更新基于ggplot2系统的教程。 加载依赖关系 这里的ggtree需要使用19年7月以后的版本,因为这以后的版本才支持将聚类结果转化为树结构。
图3|按门汇总的各处理物种丰度均值数据,phy。long format数据形式可直接用于ggplot2绘图。 # 2.1.3 物种组成堆叠面积图-绝对丰度 library(ggplot2) library(ggalluvial) abs_area = ggplot(data = phy, aes(x = grazing, y = abun, fill = reorder(Phylum,-abun),colour = reorder(Phylum,-abun), stratum...