setwd("C:\\Users\\scikuangren\\Desktop\\heatmap") #设定工作目录 第二行代码: inputdata<-read.table("GEO.txt",header = T,sep="\t",row.names = 1) #读取文件数据 第三行代码: inputdata<-as.matrix(inputdata) #将数据框转化为矩阵 第四行代码: heatmap(inputdata[1:20,]) #画热图 热图...
pheatmap算是大家最常用的绘制热图的R包了。 代码语言:javascript 复制 library(pheatmap)###构建示例数据 test=matrix(rnorm(200),20,10)test[1:10,seq(1,10,2)]=test[1:10,seq(1,10,2)]+3test[11:20,seq(2,10,2)]=test[11:20,seq(2,10,2)]+2test[15:20,seq(2,10,2)]=test[15:20,s...
首先读取基因表达值矩阵,绘制一个常规的无基因名称的热图。 图片.png 随后,将重要的待展示名称的基因名称列表读入到R中,并添加在热图右侧显示出。 #读取待展示的基因名称,并添加到热图中 name <- read.delim('name.txt', header = FALSE, check.names = FALSE) heat + rowAnnotation(link = anno_mark(at ...
r语言热图代码 文心快码BaiduComate 在R语言中,创建热图是一个常见的任务,尤其适用于展示大规模数据中的模式或相关性。以下是一个详细的步骤,包括准备数据、安装和加载必要的R包、编写R代码创建热图、调整热图参数以及导出或保存热图的指南。 1. 准备热图所需的数据 热图通常使用矩阵或数据框(DataFrame)格式的数据。
本次教程介绍pheatmap这个R包,此包功能强大,制作热图方便给力。 1. pheatmap包安装及加载 我们先在R上安装pheatmap这个包,首先打开Rstudio。 2. 实战演练 pheatmap包的数据输入是一个矩阵(matrix),我们先读入基因表达谱数据 expression.txt 使用head函数查看文件,expression.txt文件中一共包含10个样本,50个基因,其中每...
热图代码用于加载SiteMonitor JS热图脚本,在网页上正确添加热图代码后,即可实现收集用户的点击行为,利用热图呈现,颜色越深的区域表示点击越多,颜色越浅则表示点击少。 8.5.2 代码导出 后台路径:高阶报告-热图分析,输入分组名称和页面URL后,点击保存并获取代码即可。
现在的期刊是对图片的质量，它的美观程度要求越来越高，虽然说这几个图片它表示的含义都是一样的，但是你绘制成后面这些样的图片，被期刊接收的可能性也会更大。这节课的代码也是基于之前热图代码的基础上进行了添加 这是之前的代码 library(pheatmap)choose_gene=head(rownames(nrDEG),25)choose_matrix=exprSet[...
split = annotation_row,#用行注释分裂热图 bg.border = "black")#背景边缘颜色 circos.clear()#画完图结束。一定要运行这个,不然后续画图会叠加 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 但是这样没有行名,也没有分组信息,也没有legend,需要额外添加。 circos.par(gap.after = c(2, 2,30))#让分裂的一个口大一...
3.gplots中的heatmap.2为可以选择展示热图key值 library(heatmap.plus)z=matrix(rnorm(30),nrow=5,ncol=6);rlab=matrix(as.character(c(1:5,2:6,3:7,4:8)),nrow=5,ncol=4);clab=matrix(as.character(c(1:6,6:1)),nrow=6,ncol=2);colnames(rlab)=LETTERS[1:dim(rlab)[2]];colnames(c...
代码语言:javascript 复制 pheatmap(test,cellwidth=15,cellheight=12,fontsize=10) 设定text 热图中展示数值 # display_numbers = TRUE参数设定在每个热图格子中显示相应的数值,#number_color参数设置数值字体的颜色 代码语言:javascript 复制 pheatmap(test,display_numbers=TRUE,number_color="blue") ...