②纵坐标解读:当P=0.05,-log10(P值)≈1.3,纵坐标越大于1.3,表示差异越显著(P越小,差异越大)。 ③横坐标解读:FC全拼是Fold Change(差异倍数),当FC=1.2,则log2(FC)≈0.26,当log2(FC)的绝对值越大于0.26,表示差异倍数越大。 ④蓝点表示表达显著下调基因(或蛋白)。 ⑤红点表示表达显著上调基因(或蛋白)。
火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的点代表没有差异表达的基因。聚类图聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。在聚类图中，横坐标代表样本聚类，一列...
1分钟读懂生信图,先从火山图开始火山图怎么看⁉️ 1⃣️坐标轴:横轴是log2(Fold change),显示差异倍数(FC),点越偏离中心,表示差异倍数越大;纵轴是-log 10 (adj. p-value),显示显著性,点越靠图的顶部,表示差异越显著; 2⃣️点:图中每个点代表一个检测到的基因(或蛋白、代谢物等),图中这些点...
基因差异火山图看法如下:火山图可反映总体基因的表达情况,横坐标代表log2(Fold Change),纵坐标表示-log10(P值),每个点代表一个基因,颜色用以区分基因是否差异表达,图中橙色的点代表差异表达基因,蓝色的点代表没有差异表达的基因。聚类图聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。火山图先关:火山图(Volcano Plot)...
上图中的两条垂直虚线和一条水平虚线是参数DE genes filtering threshold控制的,如果你筛选差异基因的标准(生成level列中哪些上调、哪些下调的标准)不是默认标志,则需要修改这个值为你设置的阈值,从而调整线的位置。 也可以设置参数Coordinate flip旋转火山图。
火山图是生信文章中最常见的表达图,它最直观的作用就是展示组间差异的物质。 比如找到肿瘤细胞跟正常细胞的差异基因,或是研究疾病组跟正常组之间的差异表达基因情况。 绘制火山图通常需要两个关键指标, ①差异倍数Fold Change值 ②假设检验P值 ⌈火山图怎么看?⌋ ...
基因差异火山图看法如下：火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的点代表没有差异表达的基因。聚类图聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。在聚类图中，横...
1.火山图的定义&用途 2.结合具体案例怎么看? 3.火山图的相关疑问&解答 01 火山图的定义&用途 定义:在一张图里显示了两个重要指标(Fold change/p-Value),主要用于展示两组样本间基因表达的显著差异。 用途: 差异表达可视化:可直观显示基因或蛋白质表达差异。
基因差异火山图看法如下: 火山图可反映总体基因的表达情况,横坐标代表log2(Fold Change),纵坐标表示-log10(P值),每个点代表一个基因,颜色用以区分基因是否差异表达,图中橙色的点代表差异表达基因,蓝色的点代表没有差异表达的基因。聚类图聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。 在聚类图中,横坐标代表样本聚类...
咱们一个一个来,由易入难,今天就先讲讲火山图怎么看,代表的是什么结果!1)坐标轴:横轴是log2(Fold change),显示差异倍数(FC),点越偏离中心,表示差异倍数越大;纵轴是-log 10 (adj. p-value),显示显著性,点越靠图的顶部,表示差异越显著;2)点:图中每个点代表一个检测到的基因(或蛋白、代谢物等),图中...