混合横截面数据和面板数据在分析上也有一些不同。面板数据可以用来分析固定效应和随机效应，也就是说，可以考察那些不随时间变化但在横截面上有差异的变量对结果的影响。而混合横截面数据虽然不能直接用来分析固定效应和随机效应，但它可以用来在时间和横截面上比较不同的群体或现象。
主要区别在于样本是否相同。混合截面数据每一时点都要进行随机抽样，观测n个时点要进行n次抽样；而面板数据是对同一样本不同时期的重复观测。