测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到,产生的reads更多,这些区域的覆盖度更高,在高GC或者低GC区域,不容易被测到,产生较少的reads,这些区域的覆盖度更少。用基因组单位长度的bin中…
我们在进行后续分析之前,首先要对其进行一定处理,去掉杂峰的影响。 Abnormal data 为了便于测试,我选取了一个样本的双端测序结果进行演示,如果想自己尝试可翻到文末数据获取部分下载数据。 rawdata_qc 下图是双端测序结果的fastqc质控报告中的GC含量部分,我们可以看到有几个异常峰值。 曾老师曾经在一篇文章中提到右峰...
全基因组测序gc含量标准 全基因组测序的GC含量标准因生物种类和测序平台的不同而有所差异。对于人类基因组,GC含量一般在40%左右。而对于原核生物,GC含量的变化范围则相对较大,为20%\~75%。 如果发现GC含量的图谱明显偏离这个值,那么说明测序过程存在较高的序列偏向性,结果就是基因组中某些特定区域被反复测序的...
【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系 在前面我们用ChIP-seq的分析方法可视化了一下我的WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关。 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具体内容点击【直播】我的基因组 44:比对文件画profile和heatmap图),但是前面我们并没有给出直接...
二代测序gc含量可以对测序效果、碱基质量、序列覆盖度和生物信息学分析产生一定的影响。具体如下：1、测序效果：gc含量较高的区域可能会在测序过程中产生较高的片段复杂性和碱基堆叠，可能导致测序错误率的增加。此外，高gc含量的序列也可能在扩增和文库构建过程中更难处理。2、碱基质量：高gc含量的序列...
GC content可以自己写脚本计算： python：计算fasta的GC含量 利用GC depth数据可对组装序列可视化（bin着色）数据 ggplot geom_point 来自参考 第二参考给的图如上，如果其中有独立序列簇，应该可以认为是存在生物污染。在meta Bin分析中一个微生物一般是相对独立的簇。更多阅读： 测序数据的深度、覆...
使用bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP变异位点数量统计英文文档软件安装1. conda 安装conda install bedtools -y2. 源码安装wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/…
科技君之前发过的文章提到了0PCR测序方案,它结合了PCR free建库技术和DNBSEQTM测序技术,最大化降低了PCR 扩增可能引入的错误和偏向性。这种测序方案除了能够检测到更多的真实InDel,还能带来更高的基因组覆盖均一性,对高GC、中GC、低GC含量的物种测序覆盖均一性表现良好(图1、图2、图3)。(还没看过的小伙伴戳这...
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GC含量过高可能导致测序信号读取中断