从图中可以看出TC和RPKM这两中标准化方法不能有效地消除组间差异。 这是七种数据标准化后方法后的数据的组内方差箱线图。明显看出Q方法得出的标准化数据组内差异较大。 这是七种标准化方法对人的测序数据标准化后,其管家基因在其组间的平均变异系数。众所周知,管家基因在各个细胞中的表达水平应该极为相似,从图...
由于每个细胞的总计数(也可称为测序深度)不同,首先通过总计数对每个细胞估算出一个size factor,它代表了细胞间由不同测序深度带来的相对偏差值, 然后对每个细胞的总计数除以特定的size factor,以此来达到消除偏差的目的,得到“normalized expression values”用于下游分析。如果在scRNA-seq中用到了spike-ins 或 UMIs,...
虽然 PCR 扩增偏差通常通过使用唯一分子标识符(UMI) 来处理,但需要标准化以消除其他技术变化的影响,如测序深度、细胞裂解和逆转录效率的差异。 标准化过程的主要目标是消除技术效应的影响,同时保留真正的生物异质性。在标准化良好的数据集中,基因的方差应该与细胞的基因丰度和测序深度无关。“真正”差异表达的基因应该...
对于每个基因,使用中位数回归估计整块和单细胞RNA-seq数据集在归一化前后的计数与测序深度关系。(a)左图显示了在一个大的RNA-seq数据集中对3个基因未归一化表达与对数测序深度估计回归,不包含零测量值,低、中、高表达定义分别为非零未归一化测量...
加州大学伯克利分校的研究人员开发了一种软件FastProject,用于可视化和解读单细胞RNA测序数据,相关研究近日发表在《BMC Bioinformatic》上。 文章作者、加州大学伯克利分校电气工程和计算机科学系助理教授NirYosef说,“我的实验室对利用基因组工具研究转录的调控非常感兴趣。过去几年,我们研究了单细胞数据,当处理单细胞数据时...
根据国家标准化管理委员会标准制修订计划,全国医用临床检验实验室和体外诊断系统标准化技术委员会已组织完成了《人全基因组高通量测序数据质量评价方法》医疗器械国家标准的征求意见稿,现公开征求意见。请于2024年04月05日前反馈意见。 联系人:刘艳春 联系电话:010-57901383 ...
但对于越来越多的测序数据,往往只能下载所上传的matrix矩阵本地分析,若没有表达矩阵,或者缺少raw Count...
还取决于是否有标准数据库用于准确地指导测序数据解读.随着高通量测序技术的发展,海量基因测序数据不断产生,如何建立中国人群基因变异解读标准数据库,用于评估和指导相关检测机构对致病基因的解读具有重大的现实意义.目前急需引入新的数据库建设及数据解读机制,为我国高通量测序行业的标准化健康发展及科学监管提供依据和保障...
为构建高度可信的体细胞突变数据集,采用4份多平台WES数据在基因组交集范围内共同生成突变丰度,又称突变频率(Variant Allele Frequency,VAF)≥10%的体细胞突变真值集,利用此真值集以及测序质量,可重复性等参数筛选出14个参考panel,并使用14个参考panel和4份WES投票生成VAF≥5%的另一部分体细胞突变真值集.最终制备了 ...