一、选择工具 常见的氨基酸序列比对工具有 BLAST (尤其是 BLASTP),ClustalW, MUSCLE, T-Coffee 等。对于简单的两两比对,可以使用 Smith-Waterman 算法或 Needleman-Wunsch 算法。对于多序列比对,ClustalW 和 MUSCLE 是常用的选择。 二、输入序列 通常,这些工具允许你输入FASTA格式的氨基酸序列。 三、参数设置 大部...
1.BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 用于与数据库中的序列进行快速比对。 2.PSI-BLAST 通过多轮搜索找到与查询序列进化上相关的蛋白质。 3.Swiss-Prot、GenBank和PDB 这些都是存储序列数据的常用数据库,可用于比对分析。
2.1 比对分析 比对分析是通过将待解读的氨基酸序列与已知的蛋白质序列进行比对,从而找到相似的序列和结构模式。这种方法可以帮助我们推测蛋白质的功能和结构。 2.2 保守性分析 保守性分析是通过比对不同物种中同一蛋白质的氨基酸序列,找出在进化过程中保持不变的氨基酸残基。这些保守的氨基酸通常在蛋白质的结构和功能中起...
内容提示: 第27卷第5期2013年 10月JOURNALOF长治医学院学报CHANGZHIV01.27COLLEGEOct.No.52013MEDICAL32539种动物HMGBl氨基酸序列比对分析刘明社1摘 要赵中夫2目的:确定不同动物高迁移率族蛋白B1在物种进化中的关系。方法:运用分子生物学工具软件Generous检索NCBI数据库HMGBl氨基酸序列,比对分析和构建进化树。结果:...
39种动物HMGB1氨基酸序列比对分析
具体来说,XCT蛋白质的氨基酸序列比对结果显示存在若干具有高度保守性的结构域。例如,科学家们发现XCT蛋白质的C末端具有一个高度保守的肽链,主要由一些疏水性的氨基酸组成。该肽链可能在XCT蛋白质的功能中发挥了重要的作用,例如与其他蛋白质相互作用。 此外,科学家们还发现XCT蛋白质的氨基酸序列中存在一些富含酸性氨基酸的...
蠕哺乳动物HMGBl氨基酸序列之间:人、马、 万方数据 刘明社等.39种动物HMGBl氨基酸序列比对分析 327 犬和兔完全一致,人与牛相差1个氨基酸(aa207),节肢动物之间为67.9%(8种哺乳动物+6种节肢 人与猪相差2个氨基酸(aal42,207),人与鼠之间动物),其中与蜱为81.8%(8种哺乳动物+3种 有2个氨基酸差异(aal89,202)...
方法:运用分子生物学工具软件Generous检索NCBI数据库HMGB1氨基酸序列,比对分析和构建进化树。结果:获得39种动物HMGB1序列,39种动物HMGB1氨基酸序列同源性45.7,其中哺乳动物序列同源性99.3。哺乳动物与血吸虫、丝虫、蚊、蜱以及原虫序列同源性分别为:8O.2、8O.9、81.8%、73.3%和53.6。进化树基本反映了HMGB1与动物物种进化...
1.本发明属于聚类分析及生物学技术领域,特别是涉及基于氨基酸序列比对的蛋白家族系统发育分析方法。背景技术:2.依据多序列比对融合方法对一组同源蛋白序列进行系统发育分析,推断这些同源蛋白序列之间的进化关系,是蛋白功能分析的第一步。在获得同源蛋白序列的多序列比对结果之后,通常有两类方法对其进行系统发育分析,分别是...
目的:确定不同动物高迁移率族蛋白B1在物种进化中的关系.方法:运用分子生物学工具软件Generous检索NCBI数据库HMGB1氨基酸序列,比对分析和构建进化树.结果:获得39种动物HMGB1序列,39种动物HMGB1氨基酸序列同源性45.7%,其中哺乳动物序列同源性99.3%.哺乳动物与血吸虫,丝虫,蚊,蜱以及原虫序列同源性分别为:80.2%,80.9%,81.8%...