我们先来看第一种niche的分析,这种分析首先我们需要做空间聚类,当然空间聚类也很复杂,专门有一篇文章介绍过,在空间转录组数据分析之CNV burden和CNV聚类(python版本),主流还是分子聚类和细胞聚类,如文章所示。 这种情况下表达相似或者细胞组成相似的spot聚成了一类,每一个cluster定义为一个niche,然后就可以分析niche的细胞组成等内容,进
本研究以番茄和茄子两种不同寄主偏好的植物为研究对象,研究了白僵菌侵染对植物生化和转录组学的影响。结果表明,番茄中氨基酸、果糖、蔗糖、茉莉酸、水杨酸和总酚类物质浓度显著低于茄子,且主要发生在侵染番茄后48 h。转录组分析表明,侵染茄子的转录组变化高于番茄。信号基因在茄子对绝对白僵菌的免疫中起着重要的调节作用...
BMC Pant Biology||高低胚性巴西橡胶树基因型的比较转录组分析揭示了植物激素在体细胞胚胎发生中的作用 诺敏科达 诺敏科达(武汉)生物科技有限公司 销售助理 橡胶树(Hevea brasiliensis)是天然橡胶的主要来源,但其繁殖依赖嫁接和种子,存在生长周期长、近交衰退严重等问题。体细胞胚胎发生(SE)技术可高效再生植株,但...
对于鹿科动物而言,宿主的基因组是鹿科动物独特生物学表型形成的基础。Xing等通过分析梅花鹿比较基因组和转录组发现,梅花鹿基因组中尿苷5-二磷酸葡萄糖醛酸转移酶(UDP-glucuronosyltransferase,UTP)基因家族显著扩张,而且高单宁饲喂梅花鹿肝脏中UTP基因表达显著上调,这可能是...
近日,《生物技术通报》在线发表了题为《大豆细胞质雄性不育系及其恢复系的比较转录组分析》的研究报告。前期,作者发现CMS-RN型大豆杂交种吉育647表现出较高的育性稳定性,其区域试验平均增产达14.46%,生产试验增产达18.33%,极具推广前景。本...
exomePeak2的DMR基因的GO分析,显示DMR数最多。 三个真实数据集中DMR计数排序。 三个真实数据集中3’UTR百分比排序。 比较要点(Key Points) 新型表观转录组测序技术能够使用数据驱动的方法评估RNA修饰。 差异表观转录组分析需要对成对的input对照和IP样本进行适当的建模,以适应技术和生物噪声、peaks值检测并解决小样本...
比较转录组分析是通过测序技术获取不同物种或条件下的转录本信息,进而研究基因表达差异的一种方法。简单来说,它可以帮助你了解不同样本在基因层面的变化情况。 转录组分析的核心步骤包括数据预处理、序列比对、拼接和注释。首先,测序数据会经过质量控制和清洗,确保数据的可靠性。接着,使用比对软件将短序列定位到参考基因...
本研究采用比较转录组学的方法,探讨了乙烯和细胞壁修饰相关基因在两个品种收获后成熟期果实硬度控制中的作用机制。与短保质期品种(Mopan)相比,长保质期品种(Yoho)在成熟过程中保持了较高的硬度。Mopan中硬度的广泛丧失导致了强烈的转录活动。Mopan和Yoho几乎没有共同的差异表达结构基因和调控因子。Yoho在成熟初期强烈...
大家好,今天跟大家分享一篇题为 Comp arative analysis of single cell transcri ptome reveals hetero geneity and commonality in the immune microenvi ronment of colorectal cancer and inflammatory bowel disease(单细胞转录组的比较分析揭示了结直肠癌癌症和炎症性肠病免疫微环境的异质性和共性)在衰老过程中,慢...
译名:比较转录组分析提供了对低温胁迫下棉花种子萌发的见解 期刊:Molecular Sciences IF:4.183 发表时间:2020年3月 通讯作者:宋美珍、庞朝友、杨国正 通讯作者单位:中国科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室,华中农业大学植物科技学院长江中游作物生态生理与耕作系统教育部重点实验室 ...