Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 (适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。 Bowtie2使用FM索引(基于Burrows-Wheeler Transform 或 BWT)对基因组进行索引,以此来保持其占用较小内存。对于人类基因组来说,内存占用在3.2G左右。Bowtie2 支持间隔,局部和双...
blast是一款命令行工具,使用起来比视窗工具要麻烦一些,需要记下一系列的命令并在命令行中进行序列比对。 blast可以自己建立一个数据库进行本地比对,比如你只想在拟南芥蛋白数据中搜索相似的序列,下载好蛋白数据后,使用blast建立本地数据库然后进行比对即可。 blast比对有两个步骤:第一个建立数据库,第二个进行比对。 1...
9、s. start:比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点 10、s. end:比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点 11、e-value:比对结果的期望值,解释是大概多少次随机比对才能出现一次这个score,Evalue越小,表明这种情况从概率上越不可能发生,那么这个比对的可靠性越高。 12、bit score:比对结果的bit score...
支持外部 diff 工具,比如:GNU diff,SIG diff ,Cleareddiff ,以及其它更多工具 支持脚本拓展 8 KDiff3 KDiff3是另外一种很强大的跨平台差异比对及合并工具,它是由KDevelop开发而成,可以在所有类 Unix 平台上运行,包括 Linux ,Mac OS ,Windows 等。 它可以比对或合并两到三个文件或目录,具有以下特性: 可以逐句、...
本工具可以方便大家快速对比两个文本文件中的不同之处,可以自动对两段文本比较,标注不同之处,结果清晰明了,可快速替换差异内容并将结果直接下载。
SIM Alignment Tool是一款用于序列比对的工具,特别适用于抗体序列的比对分析。它采用先进的比对算法,能够高效地比对多个抗体序列,并提供详细的比对结果和可视化展示。 用途:主要用于抗体序列的比对和变异分析。研究人员可以利用该工具比较不同抗体序列之间的相似性和差异,识别关键的结构和功能区域,以及分析抗体的进化关系和...
以上介绍的两款是 Linux 命令行的对比工具,我们再来看一些 GUI 比对工具。 3. Kompare Kompare是基于 diff 的一个 GUI 工具,使用者可以很方便看到文件之间的差异,并且支持合并这些差异。 Kompare 的特性有如下: 支持多种 diff 格式; 支持目录之间的比对; ...
Blat(BLAST-Like Alignment Tool) 是另一种常用的序列比对工具,采用快速而准确的比对算法,适用于大规模基因组数据的比对。Blat的原理是通过构建k-mer索引和快速哈希算法,在较短的时间内完成序列比对。相较于blast算法其优点在于不用建库。 由于省了一步建库,笔者日常工作中用Blat的频率更多~简单的说,核酸序列比对,...
Blat,全称 The BLAST-Like Alignment Tool,可以称为'类BLAST 比对工具'。 对于DNA序列,BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。 对于蛋白序列,BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。 特点: 速度快(直接把数据库索引读入内存,无需访问硬盘); 共线性输出结果简单易读; 对于比较小的序...
Beyond Compare，一款功能全面的文件比对工具，能将选定的文件夹或文件以并排方式展示在两个窗口中，并提供多种筛选方式查看文件夹信息。用户可以轻松查看所有文件、匹配的文件、不匹配的文件等，并通过不同颜色进行区分，以便于快速辨识。此外，它还支持二进制文件的快速比对、文件与目录的对比，以及各种实用功能。安装...