1次级代谢产物预测网址:https://fungismash.secondarymetabolites.org ,点击进入界面,可进行细菌、真菌以及植物次级代谢产物预测; 2点击真菌基因组,填写邮箱(用于接收预测结果)以及真菌基因组组装结果文件(fasta格式)和基因组预测结果文件(gff3格式); 3其他参数默认,点击“submit”申请次级代谢产物预测结果,大约12h内,系统...
演示antismash在线预测和本地批量预测次级代谢产物过程,最后将预测数据进行可视化。夏日学习打卡 知识 野生技能协会 数据可视化 生物 antiSMASH antismash 次级代谢产物 细菌基因组 数据分析 生信 D3.js小驰Coding 发消息 数据可视化 充电 关注2.1万 生信 1/3 创建者:亦礼之境 收藏 【antiSMASH】批量预测细菌次级...
微生物次级代谢产物合成基因簇预测分析
基因簇指生物基因家族中的各成员紧密成簇排列成大串的重复单位,位于染色体的特殊区域。针对上述两项的预测分析简称antiSMASH。 微生物次级代谢产物及其生物合成基因簇预测分析的主要来源是放线菌、真菌等。 因为微生物次级代谢产物生物及其合成基因簇资源的定向利用十分之多,生物合成基因簇的克隆为微生物次级代谢产物的比较...
KEGG注释以及结构域预测,我们在663个碳水化合物活性酶编码基因中进一步筛选出了 288个植物多糖降解酶编码基因.在A.westerdijkiae基因组中我们还预测到大量次级代谢产物生物合成基因簇,说明A.westerdijkiae具有显著的次级代谢产物生产能力.通过进一步的结构域预测,功能注释以及比较基因组学分析,我们成功预测到两个与OTA生物...
次级代谢产物预测网址:https://fungismash.secondarymetabolites.org ,点击进入界面,可进行细菌、真菌以及植物次级代谢产物预测; 2 点击真菌基因组,填写邮箱(用于接收预测结果)以及真菌基因组组装结果文件(fasta格式)和基因组预测结果文件(gff3格式); 3 其他参数默认,点击“submit”申请次级代谢产物预测结果,大约12h内,系...
次级代谢产物生物合成基因簇 PKS和NRPS复合酶的基因主要是由连续的模块(Module)构成,每个基因模块的产物可催化多聚酮或多肽链的一轮延伸和可能的修饰。一个基因可能含有多个模块(Module)模块(Module)非最小单位(下级单元:结构域)一种次级代谢产物的合成由多个基因共同编码 ...
6 次级代谢产物生物合成基因簇 次级代谢产物的编码基因通常在基因组中成簇存在,编码 具有多种功能的复合酶 研究的最清楚为 NRPS :nonribosomal peptides synthetase PKS: polyketides synthetase NRPS-PKS hybrid 7 次级代谢产物生物合成基因簇 PKS和NRPS复合酶的基因主要是由连续的 模块(...