南湖新闻网讯(通讯员 辛西) 近日,我校信息学院生物统计团队胡学海教授课题组研发出一款针对植物转录因子结合位点预测的工具及其docker镜像,相关研究成果发表在国际生物信息学领域学术期刊Bioinformatics上。 转录因子结合位点(TFBS)是顺式调控元件的基本组成部分,在基因表达的精确调控中起重要作用。TFBS核心基序内的非编码变...
植物中转录因子结合位点实验数据的缺乏,以及植物TFs的独立进化特性都使得鉴定植物TFBS的计算方法落后于相关的人类研究。本研究首先使用深度卷积神经网络(DeepCNN)在基于可用的拟南芥Dap-seq数据集建立了265个拟南芥TFBS的预测模型,并且将其迁移用于预测其他植物的同源TF中。 建模结果表明,DeepCNN在265个拟南芥数据集上都获得...