第一批拟南芥和水稻基因组论文的引文树显示了植物基因组学的重大发展和植物基因组使植物生物学所有学科在过去20年的复兴。构建接近完整的基因组、组装复杂基因组和构建参考泛基因组是未来植物基因组测序中最具挑战性的部分。2000年12月,第一个植物参考基因组——拟南芥全基因组序列的公布,标志着植物基因组时代的开始。