染色质构象捕获技术,是指研究染色质之间在细胞核内空间上的相互作用。 原理 染色质构象捕获技术的基本原理是利用相互作用染色质在空间构象上存在物理接触的原理,可以鉴定某一特定染色体区域相互作用或长距离调控的区域或基因,图解示意如下图。 用途 染色质构象捕获技术可用于研究...
然而由于起始细胞量的要求,传统的Hi-C技术无法揭示复杂生物组织中的染色质结构异质性;而现有的单细胞Hi-C技术受到通量与成本的限制,难以捕捉足够多的细胞以揭示复杂细胞类型中特异性的染色质结构。因此,开发高效、便捷、经济的单细胞染色质...
现有的染色质构象捕获技术依靠甲醛交联蛋白与DNA,通过限制性内切酶或者DNase, Mnase对DNA进行酶切,再将空间上邻近的DNA重新连接。将重连后的DNA文库通过高通量测序,分析比对其来源并绘制染色质互作图谱。通过这种互作图人们发现多种染色体折叠形成的结构,其中包括染色质环【1】、染色质结构性条纹(stripe)、染色质结构域...
通过实验处理,将三维结构上相近的染色质转换成了一维的DNA片段,所以这一技术称之为染色质构象捕获。通过分析junction reads中的不同部分分别对应哪些基因组区域,可以得到DNA之间的相互作用关系。 在传统的3C技术中,得到junction reads后,需要针对感兴趣的两个目标片段设计引物,通过PCR反应将这两个区域构成的junction read...
第一个染色质构象捕获(3C) protocol于2002年发表,从那时起,新的染色质捕获技术的爆发令人震惊。如果你正在计划一个自己的3C实验,重要的是要了解主要的染色质捕获协议的异同点。 从本质上讲,所有的3C协议都是基于这样一种观点,末端的,功能相关的DNA片段更有可能相互作用。3C协议使用交联反应,通常是用1%的甲醛,以...
研究团队结合色质构象捕获技术与商业化的细胞包裹微滴产生平台,开发出全新高通量单细胞染色质构象捕获技术——Droplet Hi-C,大幅提高了单细胞Hi-C的实用性,为研究三维基因组在发育与疾病中的作用及临床诊断提供了新工具。 为了突破这些局限,研究团队开发了基于商业化单细胞高通量微流控平台(10x Genomics)的Droplet Hi...
研究团队结合色质构象捕获技术与商业化的细胞包裹微滴产生平台,开发出全新高通量单细胞染色质构象捕获技术——Droplet Hi-C,大幅提高了单细胞Hi-C的实用性,为研究三维基因组在发育与疾病中的作用及临床诊断提供了新工具。 为了突破这些局限,研究团队开发了基于商业化单细胞高通量微流控平台(10x Genomics)的Droplet Hi...
在此之前,对造血谱系各个阶段细胞类型的染色质三维构象缺乏完整的研究。其中一个主要限制因素是已有的染色质构象捕获技术大多需要大量的起始细胞,而体内可分选的造血干细胞较少。因此,作者们首先开发了一种基于Tn5 tagmentation的少量细胞Hi-C技术(tagHi-C)。tagHi-C利用Tn5转座酶对交联、酶切、连接、纯化后的线性DNA...
chromosomeconformationcapture:染色质构象捕获技术在传统的3c技术中得到junctionreads后需要针对感兴趣的两个目标片段设计引物通过pcr反应将这两个区域构成的junctionreads扩增出来通过pcr产物的有无和定量可以评估目的片段之间相互作用关系的有无和强度 chromosomeconformationcapture:染色质构象捕获技术 chromosome conformation ...
现有的染色质构象捕获技术，如3C、Hi-C及其衍生技术，依赖于甲醛交联DNA与蛋白，通过限制性内切酶或DNase等酶进行切割，再将空间邻近的DNA片段重新连接，通过高通量测序分析构建染色质互作图谱。然而，甲醛反应是可逆的，交联产物不稳定，且交联蛋白可能阻挡酶识别DNA，导致酶切不完全，增加了异质性，影响染色...