1940年，林巧稚回国。1941年，太平洋战争爆发，协和医院被迫关闭。林巧稚并未放下医生的职责，她在胡同里开办妇科诊所，继续为战乱中的中国妇女服务。怀着医者的仁心，林巧稚将诊疗费用降至平均水平以下，对待穷苦的病人，她不仅免去诊疗费，还出钱对病人施以援助。她开办的诊所在战乱中坚持了6年，共留下8887份病历档案。
林巧稚的事迹感动着每一代人，她逝世后，她的家乡厦门鼓浪屿建造了名为“毓园”的林巧稚纪念馆。2007年上映的《大爱如天》，就是以林巧稚的生平事迹为原型，反映她一生献身医学、全心全意为人民服务的一部电影。