非模式物种OrgDb构建软件 软件简称 - 版本号 V1.0 登记号 2023SR1321301 分类号 - 著作权人 中国烟草总公司郑州烟草研究院 首次发表日期 - 登记日期 2023-10-27 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 1 2025-05-15 单细胞标记基因表达线条注释软件 - 2025SR0791951 V
mm39.emapper.annotations:该文件提供了最终的注释结果,也是我们后续构建OrgDb的文件 它一共有21列,列名如下: query:检索的基因名或者其他ID,就是提供蛋白组序列文件中的ID,所以这个ID和以后做GO/KEGG分析的ID要相同,不然就没办法做了,已经说了好多次了。
通常在对物种做GO富集分析时,我们会遇到2种情况模式物种 & 非模式物种;针对模式物种专门的Orgdb包,但是目前针对模式物种的包只有20种,针对非模式职位另一种解决方案是通过AnnotationForge包来创建Orgdb包,本节来介绍如何构建非模式物种的Orgdb来做GO富集分析 1.准备注释文件 注释文件可以通过eggnog网站上传序列文件获得 ...
利用clusterProfiler进行富集分析时,发现网上没有物种包OrgDb,利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书,特别感谢一下!!! emapper首先得到注释文件,前提是自己安装好eggnog-mapper并且下载好相应的数据库 emapper.py --cpu 20 -i filter.pep.fa_16 --output filter.pep.fa_16.out -d virNOG -m diamond...