在分子动力学模拟中,传统的非极化力场假设原子的电荷分布是固定的,无法响应外部电场或邻近原子的影响。然而,真实分子在外界作用下会发生电荷重分布(即极化效应),这种效应对分子间相互作用、溶剂化行为、界面性质等具有重要影响。为了更准确地描述这些现象,可极化力场应运而生。以下是三种主流的可极化方法:涨落电荷、Drud...
为了克服标准FFs的这一基本缺陷,人们努力开发肽和蛋白质的可极化力场模型。 在这篇文章中,我们提出了一个包含极化的特定蛋白电荷(The polarized protein-specific charge) 的替代力场,用于蛋白质的动力学研究。极化特定蛋白质电荷(PPC)在原子电荷中建立了蛋白质的极化。PPC本身并不是 "可极化的",但它是由第一原理...
我们为分子动力学软件Tinker设计了一套建模软件，专门用于可极化力场——AMOEBA力场在Tinker中建模。对于...
这篇文章的核心内容是关于量子力学/分子力学(QM/MM)模拟的一个新的实现方法,特别是引入了高斯电静力模型(GEM),这是一个基于密度的可极化力场。文章详细描述了GEM在QM/MM框架内的新实现,并通过LICHEM代码、Psi4和Tinker-HP软件包实现了无缝集成。以下是文章的主要要点: 1. **背景介绍**:QM/MM模拟是计算化学中...
只支持Drude方式体现可极化效应 顺带一提，最近出了个现成的工具可以产生GROMACS的可极化力场的输入文件 ...
发展了基于分子碎片方法的蛋白质专一性极化力场(PPC),将静电极化效应引入到研究蛋白质动力学的计算模拟中,解决了传统生物分子力场缺少极化效应的关键问题,提高了生物分子模拟的可靠性和准确性。 发展了基于分子碎片方法原理的自动分块的AF-QM/MM方法,用于精确计算蛋白质核磁共振波谱的化学位移,相较基于经验参数的传统方...
基于DMFF可微分力场开发框架[1],清华大学深圳国际研究生院余旷课题组通过结合物理激励和数据驱动构建了用于有机分子和聚合物的分子力场,并命名为PhyNEO(Physics-driven Force Field with Neural Network Enhan…
在本研究中,我们报告了一个针对燃烧相关分子的简化但精确的通用AMOEBA极化力场,称为Combustion-AMOEBA或cAMOEBA。其中,气体分子弛豫优化是通过鸿之微DS-PAW软件进行计算(其为cAMOEBA极化力场的构建而服务)。通过消除永久原子偶极子和四极子,保留明显的极化,并定义每个分子种类(包括烷、烯、 炔、醇、过氧化物和醛)的原...
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极化效应影响溶剂化并改变蛋白质二级和四级结构的稳定性，因此可极化力场在确定蛋白质的构象空间中起着至关重要的作用。但是，使用可极化力场对SARS-CoV-2 Mpro这样包含成千上万个原子的蛋白质进行长时间的模拟是现在无法企及的。来自Sorbonne University的Jean-Philip Piquemal课题组在Chemical Science上发表了”High-...