该研究首次报道了具有13条染色体的高质量端粒到端粒(T2T)的百合杜鹃基因组; 基于15个杜鹃属植物基因组,对杜鹃属植物进行了泛基因组分析; 结合基因组测序和全转录组测序,鉴定了几个与热胁迫相关的关键基因和miRNA,为杜鹃属植物的比较基因组学和功能基因组学研究提供了丰富的资源。 研究背景 杜鹃花属于杜鹃花科,是木本植物中最大
该研究首次报道了具有13条染色体的高质量端粒到端粒(T2T)的百合杜鹃基因组; 基于15个杜鹃属植物基因组,对杜鹃属植物进行了泛基因组分析; 结合基因组测序和全转录组测序,鉴定了几个与热胁迫相关的关键基因和miRNA,为杜鹃属植物的比较基因组学和功能基因组学研究提供了丰富的资源。 研究背景 杜鹃花属于杜鹃花科,是木...
该研究发布了杜鹃花gapless端到端基因组组装,澄清了不同类型杜鹃花(黄色花的羊踯躅、红色花的映山红)基因组变异的特征,借助多组学系统生物学手段揭示了红色系、黄色系间花色差异的基因表达调控基础,识别了参与花色变异的关键调控因子。该研究为解析...
molle中占据了类胡萝卜素/黄酮素特征色素的基因调控,而WRKY、ERF、WD40、C2H2和NAC TF集体调控了红花R. simsii中类花青素特征色素的基因调控。本研究采用多组学策略解决了两个重要杜鹃之间复杂差异,并为进一步的功能遗传学和分子育种提供了参考。 结果 杜鹃(R. molle)的无缝基因组组装和注释 我们产生了约51.97 Gb(...
图1.百里杜鹃基因组测序和组装、“锚蛋白重复序列”(ankyrin repeats,ANKs)基因与“钙离子ATP酶”(Ca2+-ATPases,CAPs)基因 百里杜鹃的基因组中包含高拷贝的“锚蛋白重复序列”(ankyrin repeats,ANKs)基因和“钙离子ATP酶”(Ca2+-ATPas...
灵宝杜鹃基因组的组装与注释 通过Survey分析,预估灵宝杜鹃基因组大小为654.12Mb,杂合为0.72%。随后研究者利用高深度的PacBio测序和Hi-C辅助组装,构建了高质量的染色体水平灵宝杜鹃基因组,其基因组大小为622.72Mb,Contig N50=2.54Mb,Scaffold N50=50.18Mb。接着,研究者通过多种方法证实了基因组组装的完整性与准确性,三...
杜鹃花属(Rhododendron)物种丰富,是探索适应不同生境的基因组机制的良好系统。在这里,我们报告了九个物种的高质量染色体级基因组组装,它们代表了该属的所有五个亚属、不同海拔分布和所有花色类型。进一步的全面基因组分析表明,杜鹃花属植物采用了多种适应策略,特别是通过参与病原体防御(pathogen defense)和氧化磷酸化(...
灵宝杜鹃(Rhododendron henanense subsp. lngbaoense)基因组的碱性亮氨酸拉链转录因子(basic leucine zipper, bZIP)家族成员,研究其非生物胁迫下的表达模式.【方法】鉴定 RhlbZIP 家族成员,构建系统发育树,进行基因结构,保 守基序,顺势作用元件和表达模式分析.采用实时荧光定量 PCR(RT-qPCR)技术,分析 RhlbZIP 基因在...
杜鹃花属(Rhododendron)的花朵颜色高度多样化,为花色研究提供了独特研究模型。该研究用ONT测序数据对黄花杜鹃R. molle进行了gapless基因组组装,选用黄花/红花杜鹃进行比较基因组分析,结合代谢组、时序基因共表达等分析,揭示了不同花色素沉着的特定基因调控变化机制,为杜鹃花属的遗传学和分子育种提供重要基础。
灵宝杜鹃bZIP家族全基因组鉴定及表达特征分析 李勇慧, 鲍星星, 段一珂, 赵运霞, 于相丽, 陈尧, 张延召 Genome-wide Identification and Expression Features Analysis of thebZIPFamily inRhododendron henanensesubsp.lingbaoense LI Yong-hui, BAO Xing-xing, DUAN Yi-ke, ZHAO Yun-xia, YU Xiang-li, CHEN ...