Hi-C,即高通量染色体构象捕获技术,是一项备受关注的分析染色质三维空间结构的新兴测序方法。Hi-C可以帮助研究者了解全基因组的染色质DNA在空间位置上的关系,并获取高分辨率的染色质三维结构信息。 在最新研究中,nHi-C将in situHi-C实...
此外,许多Hi-C分析和可视化的工具已经被开发,以帮助我们分析和解释Hi-C数据【表2】。 表2:Hi-C数据分析和可视化工具 尽管Hi-C技术是挖掘全基因组水平染色质相互作用信息的强大工具,但由于许多不含染色质相互作用信息的无效测序片段的存在,Hi-C对高通量测序数据的可用率较低 (30%~60%)。靶向染色质捕获技术(T2C...
BL-Hi-C技术依赖“GGCC”酶切位点,富集高GC含量区域的活跃染色质间的相互作用。综上所述,一种不依赖于探针序列及蛋白抗体、用染色质开放程度为富集条件、直接高效富集全基因组活跃转录调控元件间相互作用的技术需要被开发。 研究人员结合了FAIRE-seq技术及Hi-C技术的关键步骤,开发出了一种可以不依赖蛋白抗体及靶序...
这些因子通过与免疫系统协作,改善细胞微环境的同时,影响邻近细胞的增殖与分化,对器官衰老和肿瘤的发生发展产生双向性的调控,因此,有必要对衰老过程中 SASP 的调控机制等问题进行深入的探究。 该项工作利用 Hi-C 技术探究了细胞衰老的早、中和...
他们揭示了染色质在细胞衰老过程中的关键动态，特别是拓扑结构域(TAD)内通过增强子调控的SASP基因表达新机制。细胞衰老的一个显著标志是分泌蛋白质组的改变，即SASP，它包括多种细胞因子、趋化因子等，对衰老细胞的微环境和邻近细胞的增殖分化产生重要影响。研究通过Hi-C技术深入剖析了细胞衰老不同时期的DNA...
nHi-C将in situ Hi-C实验与核仁的提取分离相结合,即在细胞裂解后通过密度梯度离心提取核仁,实现了对核仁相关的染色质互作进行富集捕获(图1)。 图1:nHi-C实验原理示意图 为了验证nHi-C能够富集核仁相关染色质互作,研究者在HeLa细胞中分别进行了in situ Hi-C和nHi-C实验。通过将nHi-C和in situ Hi-C的结...
总的来说,该研究开发了一种简便高效的少量细胞Hi-C技术(tagHi-C),利用该技术产生了小鼠造血谱系分化过程中的十种细胞类型的三维基因组数据图谱,并且从染色质紧致程度、RabI构象、GAD结构以及染色质环与GWAS的数据整合等方面进行了研究。该研究为理解小鼠造血谱系染色质构象提供了丰富的数据资源,也为其他需要应用少量细...
总的来说,该研究开发了一种简便高效的少量细胞Hi-C技术(tagHi-C),利用该技术产生了小鼠造血谱系分化过程中的十种细胞类型的三维基因组数据图谱,并且从染色质紧致程度、RabI构象、GAD结构以及染色质环与GWAS的数据整合等方面进行了研究。 该研究为理解小鼠造血谱系染色质构象提供了丰富的数据资源,也为其他需要应用少量...
在这项研究中,研究者首先证明了用少量细胞(1×10E4 )的Hi-C实验研究临床肺癌样本三维基因组的可行性。然后从两例肺癌病人中分别提取癌症和癌旁组织, 进行Hi-C和RNA-seq测序,获得三维基因组和转录组信息。 染色质在细胞核中折叠成高度复杂的三维结构,并且在细胞分化增殖等过程中被动态调控。染色质构象捕获技术如...
nHi-C将in situ Hi-C实验与核仁的提取分离相结合,即在细胞裂解后通过密度梯度离心提取核仁,实现了对核仁相关的染色质互作进行富集捕获(图1)。 图1:nHi-C实验原理示意图 为了验证nHi-C能够富集核仁相关染色质互作,研究者在HeLa细胞中分别进行了in situ Hi-C和nHi-C实验。通过将nHi-C和in situ Hi-C的结...