在孟德尔随机化分析中,clump 函数通常用于减少 SNP(单核苷酸多态性)的数量并确保它们是独立的。这个过程称为 SNP clumping,主要用于处理连锁不平衡(LD)问题。 下面是一个基于 R 语言的 clump_data 函数的实现示例,这个函数可以用于孟德尔随机化分析中的本地数据 clumping: r # 加载必要的库 library(dplyr) # clum...
本地clump 本地clump的数据,自己在 dplyr::tibble列哪些数据才展现哪些数据,比在线的clump的数据要少一些。 然后出现前面:The query to MR-Base exceeded 300 seconds的问题,主要是我把很多exposure的snp放在一个txt文档里面,想一起做clump,后来觉得把exposure 逐个拆开,用for循环来逐个文件做clump。
回复“本地clump” http://weixin.qq.com/r/QD8OFnDExi25rTR192pS (二维码自动识别) 我的code完整版已经放到微信公众号啦,大家可以移步关注“生信博士小喵”,后台回复“decode3”获取。 # 加载可能需要的R包,我的习惯把这几个R包都加载。有些可能用不上。 library(stringr) library(TwoSampleMR) library(...
clump_kb ,clump_r2,clump_p按需设置 bfile指的是参考基因组数据,参考链接https://ctg.cncr.nl/software/magma plink_bin 指的是plink的可执行文件位置,如/usr/bin/plink,可以使用命令sudo apt install plink1.9下载1.9版本的,2.0版本的没有本地clump功能 本地clump关键代码: expo_clump<-ieugwasr::ld_clump...
03.肠道菌群数据准备,快速批量下载,本地clump【肠道菌群与免疫细胞(中介)孟德尔随机化分析】 03:33 04.肠道菌群数据去除弱工具变量【肠道菌群与免疫细胞(中介)孟德尔随机化分析】 04:51 05.疾病结局数据准备【肠道菌群与免疫细胞(中介)孟德尔随机化分析】 04:57 06. 肠道菌群与结局孟德尔随机化分析【肠道菌群与...
代码: ld_clump_local(temp,clump_r2=0.001,clump_kb=10000,clump_p=1,bfile='E:/GAWS_SUMSAT/1kg.v3/1kg.v3/EUR',plink_bin=get_plink_exe())
11.本地数据本地clump多变量孟德尔随机化分析 - 文云博士于20240728发布在抖音,已经收获了8875个喜欢,来抖音,记录美好生活!
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