1. Windows + R 键入CMD确认 2. 设置运行目录(把数据库和比对文件以fasta格式提前拷到所安装的路径C:\Program Files\NCBI\blast-2.15.0+\doc) ``` cd "C:\Program Files\NCBI\blast-2.15.0+\doc" ``` 3. 设置比对数据库 cds.fasta【转录组】 ``` makeblastdb -in cds.fasta -dbtype nucl ```...
在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,将需要查询到的序列以fasta格式保存到中,我们已两条拟南芥的蛋白序列为例。 2、查询命令的准备: 在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,使用blast的命令: 1 相关参数说明: 程序执行命令,exe 前的程序根据自己的需要而换,包括blastn,blatp,tblastx等bin文件夹中所...
3. 使用blastdb_aliastool创建子库数据库别名 有些版本的blastdb_aliastool参数-seqidlist不存在,可以通过-gilist或者-taxidlist同样可以得出结果。具体版本可以通过blastdb_aliastool -help来查看 blastdb_aliastool -gilist virus.giid.acc.txt -db /mnt/nas1/wanghw/database/nr/nr -out nr_Virus -title ...
在线提交地址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 官方文档:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/ NCBI使用指南 步骤01:下载库文件 使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件,直接运行下列命令即可自动下载,或者fasta手动格式化数据库。 步骤02:格式化数据库 示例:makeblastdb ...
window系统下本地blast+安装与使用教程 一、blast的下载与安装 1.程序下载:访问blast本地软件包链接 blast_latest 下载适合自己系统的blast版本,这里我选择 ncbi-blast-2.2.28+-win64.exe。 2.安装流程:下载完毕后,双击安装到C:\Blast,生成bin和doc两个子目录,其中...
【blast教程】DNA(或氨基酸)本地blast数据库建立(用自己的数据建库)发布于 2022-01-26 13:00 · 1352 次播放 赞同添加评论 分享收藏喜欢 举报 数据库测序数据库技术数据库设计DNA 测序Illumina 写下你的评论... 暂无评论
记录美好生活 打开看看保定市河北农业大学西校区点击了解视频中的地点 @河农博士 本地BLAST详细教程,命令行难... 展开 视频原声 - @河农博士 视频原声 - @河农博士 视频原声 - @河农博士 50+ 5 打开App 打开抖音 再看一遍
下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 这里我下载的是 Linux 系统的下的 blast 版本. 下面的使用教程也是在 Linux 系统上 解压之后放在你想安装的目录下,就可以了,可执行文件是在bin目录下 快速使用 构建数据库
我正试图在我的电脑上本地复制我使用BLAST在他们的网站上运行mirbase得到的东西。“搜索序列”选项是:成熟的miRNA,我已经下载到我的计算机上,并使用以下命令将其作为BLAST数据库:./makeblastdb -in /home/marianoavino/Downloads/mature.fa -dbtype 'nucl' -out /home/marianoavino/Downloads/mature然后在mirbase...
我们只需要打开本地数据库文件夹(即Config对应的文件夹)。 通过手动创建文件夹和移动数据库索引文件,可以实现 于是得到 写在最后 好,基本上,目前这个版本完成了以前所有 BLAST 界面化工具的工作,同时也增加了不少便利。当然,剩下的可能就是增加一些几个 BLAST 比对相关的参数。具体这块有需要时再做打算。