BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST能迅速将核苷酸或蛋白质序列与公开数据库进行相似性序列比较,并计算匹配的统计显著性。从而可用于推断序列之间的功能和进化关系,并帮助识别基因家族成员。 意义 相似性(similarity) 一种很直接的数量关系,比如...
🌟 使用本地BLAST进行序列搜索比对的过程 下载和安装BLAST 首先,下载BLAST软件(win64.exe),然后双击安装(注意安装路径)。将bin文件添加到环境变量(具体过程可以在网上搜索)。 测试安装是否成功 按下Win+R键调出Windows命令运行界面,输入cmd并按回车键打开命令提示符窗口。然后进入D盘(如果你将BLAST安装到了D盘),输入...
在官网下载相应版本安装至自定义目录,在目录下的bin文件夹中就可以看到本地BLAST的各个工具: blastn:核酸序列比对 blastp: 蛋白质序列比对 blastx: 核酸翻译成蛋白质序列,再与蛋白质序列库比对 tblastn:核酸序列库翻译成蛋白质序列库,再与蛋白质序列比对 tblastx:核酸与核酸序列库都翻译为蛋白质序列,再在蛋白质水平...
blastp -h|less 成功后标志 三. 进行本地blast 1.建立数据库 进行本地blast序列对比我们需要建立一个库文件(在线blast的库使用的是各大生物数据库的文件),输入命令:makeblastdb建库命令。 makeblastdb -in b.fasta -dbtype nucl -out b.fasta.blastdb -in 后面是建库文件,我们使用较大的文件建库 -out 后...
一、本地Blast用途介绍: 在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况,或者已知序列与自定义数据库的比对,这种是在线blast无法完成的。下面就详细介绍一下本地的Blast(Basic Local Alignment Search Tool)的安装及使用。
**本地balst比对** 在该网站下载最新适合电脑系统的版本 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/ 安装点点点下一步 系统环境变量添加 ``` name: blastdb value: C:\Program Files\NCBI\blast-2.15.0+\doc ``` 运行 1. Windows + R 键入CMD确认 ...
四、Blast的使用方法 query序列的准备 比对脚本的准备 比对结果的说明 一、本地Blast用途介绍: 在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况。虽然现在在线做序列比对的数据库网站非常的丰富, 但有时候受到网速的制约和需要根据自己的实验目的进行个性化的数据...
【TBtools】进行本地全基因组blast比对, 视频播放量 6873、弹幕量 0、点赞数 85、投硬币枚数 27、收藏人数 207、转发人数 58, 视频作者 Senn生物学长-, 作者简介 感谢关注! ️v:win0798,可添加进【Graphpad Prism使用交流群】~,相关视频:基因测序结果比对|基因突变
-outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST的m8格式 -evalue:设置输出结果的e-value值 -num_descriptions:tabular格式输出结果的条数 -num_threads:线程数 核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx): (用法与blastp相似) ...
当然,以下是关于如何在本地进行BLAST序列比对的详细步骤,包括准备软件、配置环境、编写命令、运行比对以及分析结果的指导: 1. 准备BLAST软件包和待比对序列数据 首先,你需要从NCBI官方网站下载适用于你操作系统的BLAST软件包。下载完成后,解压到一个合适的目录。 同时,准备好你要进行比对的序列数据,通常是FASTA格式的文...