以往的空间表位预测算法都聚焦于裸蛋白抗原,然而抗原蛋白的糖基化对表位影响很大,迫切需要适用于糖蛋白抗原的空间表位预测算法。 同济大学生命科学与技术学院曹志伟教授课题组长期致力于免疫识别的相关算法研究,曾于2009年和2014年在国际著名学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表了分别表位预测在线工具SEPPA1.0【1】和S...
该工作在曹志伟教授与裘天颐博士共同指导下完成,曹志伟教授为主要通讯作者,裘天颐博士为共同通讯作者。曹志伟教授课题组的2016级硕士生周晨和2017级硕士生陈子鲲为本文的共同第一作者,同济大学为第一通讯单位。该研究得到了国家重点研发计划、中央高...
同济大学生命科学与技术学院曹志伟教授课题组长期致力于免疫识别的相关算法研究,曾于2009年和2014年在国际著名学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表了分别表位预测在线工具SEPPA1.0【1】和SEPPA2.0【2】。 SEPPA已在B细胞表位领域成为benchmark技术,近日该课题组在表位预测算法相关领域又取得新的突破。2019年5月22日,...
2021年7月,曹志伟课题组在Nucleic Acids Research杂志上发表文章“Rank-in: enabling integrative analysis across microarray and RNA-seq for cancer”,该论文建立了转录组学数据跨平台整合方法Rank-In,可对跨平台混合数据进行整合分析,同时提供在线分析(http://www.badd-cao.net/rank-in/index.html)。 该方法将表...
2021年11月,曹志伟课题组在Nucleic Acids Research杂志上发表文章“HIT 2.0: an enhanced platform for Herbal Ingredients,Targets”,建立了中药成分靶点平台HIT 2.0(http://hit2.badd-cao.net),提供了最新版靶点数据库与靶点挖掘互动在线系统。 经过文本挖掘技术的筛选与严格的人工审核,最新版数据库共收录了7000余篇...
课题组聚焦于抗体设计与多组分协同用药的计算模型,建立了抗原表位预测-免疫交叉反应计算-抗体虚拟筛选平台,并率先建立了“复方-中药-成分-代谢-靶点”数据共享资源,研发了分子靶点发现与多成分协同药效预测模型,实现了中药作用机制自动解析。主持国家重点研发计划、精准医学、973、863、传染病重大专项和自然科学基金以及上海...
课题组聚焦于抗体设计与多组分协同用药的计算模型,建立了抗原表位预测-免疫交叉反应计算-抗体虚拟筛选平台,并率先建立了“复方-中药-成分-代谢-靶点”数据共享资源,研发了分子靶点发现与多成分协同药效预测模型,实现了中药作用机制自动解析。主持国家重点研发计划、精准医学、973、863、传染病重大专项和自然科学基金以及上海...
近日,上海市公共卫生临床中心、复旦大学生物医学研究院徐建青教授课题组和同济大学生命科学与技术学院曹志伟教授课题组合作研发了一个新的病原体抗原性计算平台。5月2日,研究成果以《CE-BLAST: 一种计算新发传染病病原体抗原性相似度的新型平台》(“CE-BLAST makes it possible to compute antigenic similarity for ...
同济大学生命科学与技术学院曹志伟教授课题组长期致力于免疫识别的相关算法研究,曾于2009年和2014年在国际著名学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表了分别表位预测在线工具SEPPA1.0【1】和SEPPA2.0【2】。 SEPPA已在B细胞表位领域成为benchmark技术,近日该课题组在表位预测算法相关领域又取得新的突破。2019年5月22日...